改变 DNA 核苷酸中字母的程序

Question

我正在编写一个程序来改变 DNA 的序列。 找到字母“a”时，将其替换为“t”，反之。 但是我在程序运行时遇到了一个问题，它将“a”替换为“t”，然后再次将“t”替换为“a”。

我该如何解决？

编码：

def opposite_nucleotide(dna):
     dna = dna.replace("a", "t")
     dna = dna.replace("t", "a")
     dna = dna.replace("g", "c")
     dna = dna.replace("c", "g")
     return dna

dna3 = input("Enter the DNA to represent it's oppsite one: ")
dna4 = opposite_nucleotide(dna3)
print(dna4)

Answer 1

事实证明，此功能 内置在 Python 中。

str.translate(表)

返回字符串的副本，其中每个字符已通过给定的转换表映射。 ...

您可以使用 str.maketrans() 从不同格式的字符到字符映射创建翻译 map。

示例用法：

def opposite_nucleotide(dna):
    return dna.translate(str.maketrans("atgc", "tacg"))

str.maketrans可以有多种调用方式，但我上面使用的形式类似于您在 Perl 中使用tr//的方式：第一个参数中的每个字符将被第二个参数中的相应字符替换。

显然，如果您这样做是为了课程作业或教育目的，请不要仅仅求助于内置。

Answer 2

 def opposite_nucleotide(dna):
     new_dna = ""
     for char in dna:
         if char == "a":
             new_dna += "t"
         elif char == "t":
             new_dna += "a"
         elif char == "g":
             new_dna += "c"
         else:
             new_dna += "g"
     return new_dna

我想这应该工作..不漂亮但应该工作

Answer 3

#这不适用于大型 DNA 字符串

m=dict(zip('atgc','tacg'))
dna4=''.join([m[c] for c in dna3])

Answer 4

为此，对代码进行的最简单修改（尽管可能不是最有效的）是使用临时替换，即已知字符串中缺少的字符。 例如，通过将“a”替换为“x”，然后将“t”替换为“a”，最后将“x”替换为“t”，您将不会替换已替换的字母。

def opposite_nucleotide(dna):
     dna = dna.replace("a", "x")
     dna = dna.replace("t", "a")
     dna = dna.replace("x", "t")
     dna = dna.replace("g", "y")
     dna = dna.replace("c", "g")
     dna = dna.replace("y", "c")
     return dna

dna3 = input("Enter the DNA to represent it's oppsite one: ")
dna4 = opposite_nucleotide(dna3)
print(dna4)

Answer 5

这样的方法会奏效吗？

def opp(string):
    result = []
    for char in string:
        if char == 'a':
            result.append('t')
        elif char == 't':
            result.append('a')
        elif char == 'g':
            result.append('c')
        elif char == 'c':
            result.append('g')
    return ''.join(result)

print(opp('atgc'))

Output：

tacg

感谢@bullseye 的想法； 我现在将额外的if语句更改为elif ！

Answer 6

输入文件格式是什么？ 它是一个fasta文件吗？ 您是否希望程序仅将文件中的所有字符串替换为 t 到 a ，反之亦然？ 还是只替换您输入的字符串？