减少 ggnet2 网络 plot 中的空白空间

Question

我正在使用 R 和GGally::ggnet2绘制下图所示的网络图。

你可以看到有几个相互断开的独立集群，这些集群非常分散，在图中留下了很多空白空间。 是否有可能使这些集群彼此靠近，从而更好地利用空间？

重现代码：

# Get datafile
wget https://www.dropbox.com/s/h4kt2fw1j4hdw3a/matrix.tsv

R
library(GGally)
library(network)

mat <- read.table('matrix.tsv')
net <- network(mat)
ggnet2(net, size= 1)

Answer 1

尝试不同的布局可能会被证明是有效的：

library(GGally)
library(network)

ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "kamadakawai")

或者您可以使用layout.par参数试验特定布局的参数

ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "fruchtermanreingold",
       layout.par = list(repulse.rad = 100,
                         area = 1000))

有关选项的完整列表，请参见?sna::gplot.layout

要找到一个令人愉悦的布局，您将需要对这些选项进行一些试验，因为它们取决于图表。 引用帮助的一部分?sna::gplot.layout ：

网络可视化的顶点布局提出了一个难题——没有单一的“好的”布局算法，许多不同的方法在不同的情况下可能很有价值。

set.seed(1234)
ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "fruchtermanreingold",
       layout.par = list(repulse.rad = 300,
                         area = 1200))

另一种选择是使用visNetwork并在找到良好的初始布局后手动移动一些顶点