減少 ggnet2 網絡 plot 中的空白空間

Question

我正在使用 R 和GGally::ggnet2繪制下圖所示的網絡圖。

你可以看到有幾個相互斷開的獨立集群，這些集群非常分散，在圖中留下了很多空白空間。 是否有可能使這些集群彼此靠近，從而更好地利用空間？

重現代碼：

# Get datafile
wget https://www.dropbox.com/s/h4kt2fw1j4hdw3a/matrix.tsv

R
library(GGally)
library(network)

mat <- read.table('matrix.tsv')
net <- network(mat)
ggnet2(net, size= 1)

Answer 1

嘗試不同的布局可能會被證明是有效的：

library(GGally)
library(network)

ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "kamadakawai")

或者您可以使用layout.par參數試驗特定布局的參數

ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "fruchtermanreingold",
       layout.par = list(repulse.rad = 100,
                         area = 1000))

有關選項的完整列表，請參見?sna::gplot.layout

要找到一個令人愉悅的布局，您將需要對這些選項進行一些試驗，因為它們取決於圖表。 引用幫助的一部分?sna::gplot.layout ：

網絡可視化的頂點布局提出了一個難題——沒有單一的“好的”布局算法，許多不同的方法在不同的情況下可能很有價值。

set.seed(1234)
ggnet2(net,
       size= 1,
       mode = "fruchtermanreingold",
       layout.par = list(repulse.rad = 300,
                         area = 1200))

另一種選擇是使用visNetwork並在找到良好的初始布局后手動移動一些頂點