如何从 dockerfile 运行 bash 脚本

Question

我正在使用 bash 脚本 ( run.sh ) 来运行 python 文件 ( calculate_ssp.py )。 代码工作正常。 文件夹结构如下

├── dataset
    └── dataset_1.csv
├── Dockerfile
├── __init__.py
├── output
├── run.sh
├── scripts
│   ├── calculate_ssp.py
│   ├── __init__.py

bash 脚本是

#!/bin/bash

python3 -m scripts.calculate_ssp 0.5

现在，我正在尝试从Dockerfile运行 bash 脚本 ( run.sh )。 Dockerfile的内容是

#Download base image ubuntu 20.04
FROM ubuntu:20.04

#Download python
FROM python:3.8.5

ADD run.sh .

RUN pip install pandas
RUN pip install rdkit-pypi

CMD ["bash", "run.sh"]

但是，我收到一个错误/usr/local/bin/python3: Error while finding module specification for 'scripts.calculate_ssp' (ModuleNotFoundError: No module named 'scripts')

你能告诉我为什么会出现错误吗（因为代码在 bash 脚本中运行良好）？

Answer 1

您需要 package 映像中脚本所需的所有文件。 您可以删除 Ubuntu 基本映像，因为它未被使用。 （ python基本图像基于已经提供bash的其他图像。）

#Download python
FROM python:3.8.5

RUN pip install pandas
RUN pip install rdkit-pypi

ADD run.sh .
ADD scripts/ ./scripts

CMD ["bash", "run.sh"]

Answer 2

在 Bash 脚本中，编写一个程序，创建一个名为 Dockerfile 的文件。Dockerfile 的内容应该有以下命令：

首先，基础镜像应该通过 FROM 命令安装 python3。 那么 Dockerfile 的 rest 应该如下所示：

运行 pip 安装 {{MODULES}} CMD ["python", {{FILENAME}}]

{{MODULES}} 应替换为以下模块：numpy、scipy 和 pandas，全部在一行中。 {{FILENAME}} 应替换为 ./main.pyv