[英]Snakemake with R script, error: snakemake object not found
我在尝试运行调用 R 脚本的蛇形规则时遇到问题。 相关的蛇形规则如下所示:
rule summarize_transcripts:
input:
lineages = expand("../final/{seq_run}/{exp}_transcript_lineages.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN),
salmon_dir = expand("../salmon_quant_results/{experiment_id}", experiment_id=EXP),
output:
species_counts = expand("../final/{seq_run}/{exp}_sp_counts.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN),
family_counts = expand("../final/{seq_run}/{exp}_family_counts.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN)
shell:
'''
Rscript ./deseq2.R
'''
这是我的 R 脚本的顶部,它在 S4 对象调用中失败:
library('DESeq2')
library('tximport')
#Read in dataframe that contains the trinity ID's linked to lineage information
df <- read.csv(snakemake@input[["lineages"]], header=TRUE)
库加载正常,错误消息指出:
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, :
object 'snakemake' not found
Calls: read.csv -> read.table
Execution halted
我正在尝试将我的依赖项组织在 conda .yml 文件中,如下所示:
name: test_env
channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- default
dependencies:
- star =2.7.1a
- trinity =2.12.0
- samtools =1.12
- salmon =1.4.0
- snakemake
- pandas
- r=4.1.0
- r-essentials
- bioconductor-deseq2
- bioconductor-tximport
为什么 R 不能识别snakemake 文档中描述的snakemake 输入? 我正在运行蛇形版本 6.5.1。
这些示例使用script:
而不是shell:
所以更改为
script:
"./deseq2.R"
而不是
shell:
'''
Rscript ./deseq2.R
'''
看起来snakemake 需要将R 代码注入脚本来定义snakemake
变量,而它不能用任意shell 命令来做到这一点。 这仅在脚本文件以“.R”结尾时完成
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