R中的两个彩色热图

Question

我想创建一种热图来可视化变量是否包含值零或一 (0/1)，fe 零 = 白色，一 = 黑色（或任何其他颜色）。

数据结构：我想对 10 种不同的抗生素（列，ab1 到 ab10）和 100 种不同的细菌（行，bac1 到 bac100）进行热图。 Fe 如果细菌 51 对 ab 4 敏感，则该值包含“1”，否则为“0”。

通过下面的代码，我得到了一个至少有 5 或 6 种不同颜色（白色到深红色）的热图，尽管变量中的值只有 0 或 1。

heatmap(data, scale = "row")

有谁知道我做错了什么？ 根据热图的想法（较高的值返回的颜色更接近于比例的上端）应该返回一个只有白色或深红色方块的图，中间没有任何东西......还是我错了？

谢谢！

Answer 1

你不应该扩展你的数据。 scale="row"使您的数据按行平均，与该行的偏差均值可视化为热图。

由于scale=的默认值是"row" ，仅仅忽略它不会解决问题（如果您在 R 控制台中输入： ?heatmap并按 RETURN，您也可以看到相同的信息）。 您必须设置scale="none" 。

这样做：

heatmap(data, scale = "none")