R-将彩色边栏添加到热图2

Question

我在使用R时遇到了几个问题。我正在尝试绘制带有行图和列树图的热图，直到此处一切正常。 现在，我想使用ColSideColors添加侧边栏。 颜色取决于蛋白质的域，我将这些数据保存在称为域的不同载体中，其中包含蛋白质的名称和与域相关的颜色。 我已经检查过，每个域都有一种颜色，一切都很好。 但是，当我将侧栏添加到绘图中时，似乎颜色的顺序不正确。 我怎样才能解决这个问题 ？ 请找到下面的代码：

domains <- read.table("pubchem_proteins_domains.csv", sep = ",", dec  = ".", quote = "\"")
domains$values  <- (domains$V2 - min(domains$V2))/(max(domains$V2) - min(domains$V2))
domains$gray <- gray(domains$values)

head(domains)

                                                                             V1
1           P10275.ANDR_HUMAN.Androgen.receptor.OS.Homo.sapiens.GN.AR.PE.1.SV.2
2       P00915.CAH1_HUMAN.Carbonic.anhydrase.1.OS.Homo.sapiens.GN.CA1.PE.1.SV.2
3       P00918.CAH2_HUMAN.Carbonic.anhydrase.2.OS.Homo.sapiens.GN.CA2.PE.1.SV.2
4       P22748.CAH4_HUMAN.Carbonic.anhydrase.4.OS.Homo.sapiens.GN.CA4.PE.1.SV.2
5    P21554.CNR1_HUMAN.Cannabinoid.receptor.1.OS.Homo.sapiens.GN.CNR1.PE.1.SV.1
6 P24941.CDK2_HUMAN.Cyclin-dependent.kinase.2.OS.Homo.sapiens.GN.CDK2.PE.1.SV.2
  V2 values    gray
1 16   0.60 #999999
2  7   0.24 #3D3D3D
3  7   0.24 #3D3D3D
4  7   0.24 #3D3D3D
5  2   0.04 #0A0A0A
6 22   0.84 #D6D6D6

mol_distances <- read.table("pubchem_molecular_distances.csv", header = T, sep = ",")
row.names(mol_distances) <- mol_distances[,1]
mol_distances <- mol_distances[,-c(1)]

alignment <- read.alignment(file = "pubchem_alignment.txt", format = "clustal")
prot_distances <- dist.alignment(alignment)

hc_mol <- hclust(as.dist(mol_distances), method="ward")
hc_prot <- hclust(as.dist(prot_distances), method="ward")

heatmap.2(dat_mat, 
Rowv = as.dendrogram(hc_prot), 
Colv = as.dendrogram(hc_mol), 
RowSideColors=domains$gray[domains$proteins_name],
dendrogram = "both",
scale = "none",
margins = c(12,24),
key = TRUE,
keysize = 1.0,
col = rainbow(512, start = 1, end = 0.4), 
density.info="density", 
denscol = "black",
xlab="Compounds", 
ylab="Targets", main="X Activity Profile",
trace ="none")

另外，我找不到其他函数可以在R中为颜色做类似的事情，我可以对Rainbow做同样的事情吗？

谢谢问候氘

Answer 1

好吧，我解决了我的问题，看来这是我数据集中的几个问题，这意味着R脚本是正确的。 现在将颜色分配给正确的蛋白质。 但是我仍然不知道是否可以使用除灰色以外的其他颜色来制作类似的侧边栏，以使其更加清晰。

谢谢氘