R中的Heatmap.2控制轴

Question

我正在使用gplots库中的heatmap.2函数来绘制热图。 我设法创建了热图，但是关于轴的问题很少。 我希望热图仅显示轴的选定值。 请参考下面所附的热图。 我想知道如何在X轴上仅显示X76.100，X176.200，X276.300等点，而在Y轴上仅显示Y76.100，Y176.200，Y276.300等点，而同时隐藏两个点轴。

如果问题需要进一步说明，请告诉我。

我到目前为止使用的代码：

   library(gplots)     
   file=read.table("Heatfile25.txt", sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
   file[is.na(file)]<-0
   data_matrix<-as.matrix(file)
   heatmap.2(data_matrix, scale="none",dendrogram="none", col=grey(seq(1,0,-0.01)),      
     trace="none", Rowv=NA, Colv=NA, main="PB2 VS PB1")

谢谢

Answer 1

通过将输入数据从matrix转到data.frame ，您可以轻松地使用过滤器语句选择相关的行和列。 令DF为您的data.frame ：

columnKeeps <- c("X76.100", "X176.200", "X276.300")
DFfiltered <- DF[,(names(DF) %in% columnKeeps)]

rowKeeps <- c("Y76.100", "Y176.200", "Y276.300")
DFfiltered <- DFfiltered [(rownames(DFfiltered) %in% rowKeeps),]

现在无法测试，因此我可能已交换了列和行，但您应该管理:)

请参阅按名称删除数据框列以了解更多详细信息