在 OSX Big Sur（编辑：和 Apple M1）上安装 R 以与 Rcpp 和 openMP 一起使用

Question

OSX+Rcpp+openMP 上可能有无数个线程，但现在的底线似乎是这个（ percoatless ）：

不幸的是，在 R 4.0.0 中，R 的 CRAN 分布式版本失去了在没有自定义设置的情况下使用 OpenMP 的能力。

我遇到了其他想法，包括自己编译llvm ，使用homebrew或macports安装 R 和/或 llvm 和/或 gcc，然后弄清楚如何使用正确的编译器和/或带有 (R)cpp 的标志。 然而，我觉得这一切都非常令人困惑。

我不是 mac 用户，但在我看来，设置 mac 以使用 openMP 编译 Rcpp 包或代码片段对于大多数 mac 用户来说似乎太困难了。 但是，我希望我在 github 上的 R 包被更多用户使用，而且由于它依赖于 openMP，我正在失去那些观众。

有人可以提供必要的步骤来在 mac 上设置 R 以使用 openMP 编译 Rcpp 代码吗？ 我想把它变成一个快速教程。

编辑：我应该添加 - 在 Apple Silicon 上，因为有一些额外的混乱 - /usr/local vs /opt

Answer 1

我花了一天的时间来解决这个问题（原帖在这里）； 以下是我使用 openMP 从源代码编译 R 包的步骤：

1. 从应用商店安装 xcode （ 安装 xcode 的说明），然后从终端安装/重新安装 xcode 命令行工具：

# To delete an existing command line tools installation:
sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools

# To install the command line tools
sudo xcode-select --install

2. 通过 Homebrew 安装 gcc（安装 Homebrew 的说明），或者，如果您已经安装了 gcc，请跳到第 3 步。

# WARNING: This can take several hours
brew install gcc

3. 为避免“遗留”版本问题：

brew cleanup
brew update
brew upgrade
brew reinstall gcc

4. 将一些头文件链接到 /usr/local/include

sudo ln -s /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/* /usr/local/include/

# You can ignore warnings like this:
#ln: /usr/local/include//tcl.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclPlatDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclTomMath.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclTomMathDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tk.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tkDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tkPlatDecls.h: File exists

5. 检查您的 gfortran 版本（ cd /usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin19/; ls ）然后编辑您的~/.R/Makevars文件（如果您的文件中没有名为Makevars的文件） ~/.R/目录）并仅包含以下~/.R/行：

LOC = /usr/local/gfortran
CC=$(LOC)/bin/gcc -fopenmp
CXX=$(LOC)/bin/g++ -fopenmp
CXX11 = $(LOC)/bin/g++ -fopenmp

CFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe
CXXFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=c++11 -mtune=native -pipe
LDFLAGS=-L$(LOC)/lib -Wl,-rpath,$(LOC)/lib
CPPFLAGS=-I$(LOC)/include -I/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include

# (check that the version of gfortran - in this case 10.2.0 - matches the version specified in FLIBS)
FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin19/10.2.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
CXX1X=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX98=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX11=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX14=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX17=/usr/local/gfortran/bin/g++

6. 打开 R 并安装一个包来测试它是否在启用 openMP 的情况下编译（当被问到时，从源代码编译=“是”）：

install.packages("data.table")

不幸的是，我不相信存在更“简单”的设置。

Answer 2

最终，我找到了一个可以在带有 Big Sur 的M1 mac上运行的过程。

• 前往https://mac.r-project.org/ ，它包含您需要的大部分内容
• 通过R-4.1-branch.pkg下载并安装 R。 CRAN 版本也可能工作，但我使用了来自 mac.r-project.org 的安装程序，这需要打开osx 安全设置以允许安装。
• 安装 RStudio ，启动它，让它安装开发者工具。 或者，在终端中运行sudo xcode-select --install 。
• 前往https://mac.r-project.org/openmp/ 。 下载openmp-11.0.1-darwin20-Release.tar.gz并安装它（参见下面的终端命令）。

curl -O https://mac.r-project.org/openmp/openmp-11.0.1-darwin20-Release.tar.gz
sudo tar fvx openmp-11.0.1-darwin20-Release.tar.gz -C /

• 现在我们需要添加编译器标志，以便氏族使用 openMP。 在终端中，创建Makevars文件。

cd ~
mkdir .R
nano .R/Makevars

在 nano 中，将这些额外的编译器标志粘贴到Makevars文件中：

CPPFLAGS += -Xclang -fopenmp
LDFLAGS += -lomp

按 Control+O、Control+X 保存并关闭

• 前往 gfortran 页面： https : //github.com/fxcoudert/gfortran-for-macOS/releases
• 使用安装程序gfortran-ARM-11.0-BigSur.pkg安装 gfortran 。
• 出于某种原因，它似乎安装在/usr/local/gfortran ，但 R 期望它安装在/opt 。 mac-R 团队喜欢将 arm64 和 intel 相关文件分开。 我们可以去修复路径，或者简单地在/opt下安装 gfortran。 下载 tar 文件gfortran-ARM-11.0-BigSur.tar.xz 。 您可以使用 curl，或者只是下载它并在命令行中将 tar 指向它。

cd /opt/R/arm64/
sudo mkdir gfortran
sudo tar -xzyf gfortran-ARM-11.0-BigSur.tar.xz -C /opt/R/arm64/

（用gfortran-ARM-11.0-BigSur.tar.xz替换gfortran-ARM-11.0-BigSur.tar.xz /users/YOURUSERNAME/downloads/gfortran-ARM-11.0-BigSur.tar.xz ）

现在它应该可以工作了。

不是 OSX 专家，但这样做是为了让其他人可以弄清楚如何使用我的 R 包。 我想进一步简化这个过程，但是擦拭 mac、重新安装 osx 并测试它需要很多时间。