如何在 R 中将 plot 多序列 alignment 作为箱线图和散点图：

Question

• 我的 fasta 文件包含 16 种蛋白质，我将它们与 package（“msa”）对齐。 现在我需要使用箱线图和散点图来可视化相似序列的结果

• 我阅读了有关“ggmsa”的信息，但它不适用于我的 R 版本，我尝试了许多其他版本，但它仍然无法正常工作。

• 我的代码：

#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  #install.packages("BiocManager")

#BiocManager::install("msa")
library("msa")

mySequenceFile <-file.choose(file.choose())
mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile)

## ----doAlignment-----------------------------------------------
Multiple_Alignment <- msa(mySequences)


## ----showWholeWidth--------------------------------------------
sink("align.txt") #Send R Output to a File
print(Multiple_Alignment, show="complete")
sink()

Answer 1

Bioconductor package DECIPHER有一个非常好的工具，可以在浏览器中可视化序列。

它不适用于msa的 object 类型，但适用于常规Biostrings字符串集。

# load in your library
library(DECIPHER)

# load the example DNA sequences
db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
dna <- SearchDB(db) # non-coding ribosomal RNA gene sequences

# example of using the defaults with DNA sequences
BrowseSeqs(dna) # view the XStringSet in your default browser window

这些示例序列是预先对齐的，但是您可以对齐并转换为XStringSet的任何内容都可以使用BrowseSeqs()进行可视化。