如何在 R 中將 plot 多序列 alignment 作為箱線圖和散點圖：

Question

• 我的 fasta 文件包含 16 種蛋白質，我將它們與 package（“msa”）對齊。 現在我需要使用箱線圖和散點圖來可視化相似序列的結果

• 我閱讀了有關“ggmsa”的信息，但它不適用於我的 R 版本，我嘗試了許多其他版本，但它仍然無法正常工作。

• 我的代碼：

#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  #install.packages("BiocManager")

#BiocManager::install("msa")
library("msa")

mySequenceFile <-file.choose(file.choose())
mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile)

## ----doAlignment-----------------------------------------------
Multiple_Alignment <- msa(mySequences)


## ----showWholeWidth--------------------------------------------
sink("align.txt") #Send R Output to a File
print(Multiple_Alignment, show="complete")
sink()

Answer 1

Bioconductor package DECIPHER有一個非常好的工具，可以在瀏覽器中可視化序列。

它不適用於msa的 object 類型，但適用於常規Biostrings字符串集。

# load in your library
library(DECIPHER)

# load the example DNA sequences
db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
dna <- SearchDB(db) # non-coding ribosomal RNA gene sequences

# example of using the defaults with DNA sequences
BrowseSeqs(dna) # view the XStringSet in your default browser window

這些示例序列是預先對齊的，但是您可以對齊並轉換為XStringSet的任何內容都可以使用BrowseSeqs()進行可視化。