R igraph 颜色顶点

Question

我正在尝试使用以前为我工作的代码制作连接图，但由于某种原因我对顶点的颜色有疑问

plot(net, edge.width=sqrt(links$weight), edge.arrow.size=0, 
     edge.lty=1, arrow.mode=0, vertex.size=10,
     vertex.label=nodes$Name, vertex.label.dist=1.3, 
     vertex.label.cex=1.2, vertex.label.degree=-pi/4, 
     vertex.color=nodes$Team, layout=layout_in_circle)

我得到的错误是Error in symbols(x = coords[, 1], y = coords[, 2], bg = vertex.color, : invalid color name 'Biomarkers'

Biomarkers 是 Teams 列中的变量之一。 我附上了当我取出 vertex.color 块时生成的图形，所以我知道它的 rest 有效，当我得到这个错误时（忽略 label 重叠，我稍后会摆弄它）

Answer 1

这是如果nodes$Team是字符变量（即字符串）时您会收到的错误消息。 您可以通过将 Team 设为因子变量来解决这个问题。

nodes$Team=as.factor(nodes$Team)