R中的Igraph中的顶点数

Question

我是R中的IGraph的新手。

我正在使用IGraph进行社区检测，并且已经使用Walktrap技术建立了社区/集群。

接下来，在每个群集中，我要计算两个特定顶点之间的顶点数。 我要执行此操作的原因是，对于每个顶点XX，我都希望列出通过最多3个顶点连接到XX的顶点，这意味着距离XX最多不超过3个顶点。

任何人都可以帮助在R中完成此操作吗？

Answer 1

制作随机图（用于演示）：

g <- erdos.renyi.game(100, 1/25)
plot(g,vertex.size=3)

获取Walktrap社区并另存为顶点属性：

V(g)$community<-walktrap.community(g, modularity = TRUE, membership = TRUE)$membership
V(g)$community

现在制作一个仅包含一个社区（例如社区2）的边和顶点的子图：

sub<-induced.subgraph(g,v=V(g)$community==2)
plot(sub)

制作一个包含所有最短路径的矩阵：

shortestPs<-shortest.paths(sub)

现在计算最短路径的数量小于或等于3。

我还排除了从每个节点到其自身的最短路径（shortestPaths！= 0）。

也除以2，因为每个节点对在无向图的矩阵中出现两次。

Number_of_shortest_paths_smaller_3 <- length(which(shortestPs<=3 & shortestPs!=0))/2
Number_of_shortest_paths_smaller_3

希望这接近您的需求，祝您好运！