R中的Igraph中的頂點數

Question

我是R中的IGraph的新手。

我正在使用IGraph進行社區檢測，並且已經使用Walktrap技術建立了社區/集群。

接下來，在每個群集中，我要計算兩個特定頂點之間的頂點數。 我要執行此操作的原因是，對於每個頂點XX，我都希望列出通過最多3個頂點連接到XX的頂點，這意味着距離XX最多不超過3個頂點。

任何人都可以幫助在R中完成此操作嗎？

Answer 1

制作隨機圖（用於演示）：

g <- erdos.renyi.game(100, 1/25)
plot(g,vertex.size=3)

獲取Walktrap社區並另存為頂點屬性：

V(g)$community<-walktrap.community(g, modularity = TRUE, membership = TRUE)$membership
V(g)$community

現在制作一個僅包含一個社區（例如社區2）的邊和頂點的子圖：

sub<-induced.subgraph(g,v=V(g)$community==2)
plot(sub)

制作一個包含所有最短路徑的矩陣：

shortestPs<-shortest.paths(sub)

現在計算最短路徑的數量小於或等於3。

我還排除了從每個節點到其自身的最短路徑（shortestPaths！= 0）。

也除以2，因為每個節點對在無向圖的矩陣中出現兩次。

Number_of_shortest_paths_smaller_3 <- length(which(shortestPs<=3 & shortestPs!=0))/2
Number_of_shortest_paths_smaller_3

希望這接近您的需求，祝您好運！