在R中的igraph中均匀间隔顶点

Question

我有以下图

set.seed(1410)
df<-data.frame(
"site.x"=c(rep("a",3),rep("b",3),rep("c",3),rep("d",3)),
"site.y"=c(rep(c("e","f","g"),4)),
"bond.strength"=sample(1:100,12, replace=TRUE))

library(igraph)
df<-graph.data.frame(df)
V(df)$names <- c("a","b","c","d","e","f","g")
layOUT<-data.frame(x=c(rep(1,4),rep(2,3)),y=c(4:1,3:1))
E(df)[ bond.strength < 101 ]$color <- "red"
E(df)[ bond.strength < 67 ]$color <- "yellow"
E(df)[ bond.strength < 34 ]$color <- "green"
V(df)$color <- "white"
l<-as.matrix(layOUT)
plot(df,layout=l,vertex.size=10,vertex.label=V(df)$names,
edge.arrow.size=0.01,vertex.label.color = "black")

我想将顶点“ ge”沿着顶点a和d之间的垂直距离均匀分布，以使我的当前图形（见下文）更漂亮。 如您所见，它非常拥挤。

另外，我想将两列顶点在x轴上移动得更近一些，但是我注意到在布局中调整x坐标没有响应。 例如，以下两个布局生成的图形尽管在x坐标中进行了大幅度的调整，但看起来却完全相同。

layOUT<-data.frame(x=c(rep(1,4),rep(2,3)),y=c(4:1,3:1))

layOUT<-data.frame(x=c(rep(1,4),rep(100,3)),y=c(4:1,3:1)) 

感谢您的任何建议。

Answer 1

您的第二个问题更容易回答：igraph将布局重新缩放为在坐标系中由（-1，-1）和（1,1）跨越的矩形。 如果要避免这种情况，请将rescale=FALSE传递给plot函数-但在这种情况下，您可以确保坐标确实有意义并且不在绘图区域之外。

关于第一个问题：由于您是在layOUT变量中手动构造布局，因此没有什么可以阻止您手动调整Y坐标。 首先，从layOUT X = 1的顶点的最小和最大Y坐标：

min.y <- min(layOUT$y[layOUT$x == 1])
max.y <- max(layOUT$y[layOUT$x == 1])

然后，将顶点的Y坐标与X坐标2均匀地分布在最小y和最大y之间：

vs.on.right <- which(layOUT$x == 2)
n <- length(vs.on.right)
layOUT$y[vs.on.right] <- (0:n)*(max.y-min.y)/n + min.y