在 bash 脚本中使用 conda activate 或指定 python 路径？

Question

我正在使用 SGE 或 SLURM 在一些 Linux 集群上运行一些 python 脚本。 我已经使用登录节点正确设置了我的 conda 环境。 我一直在写类似的东西

source ~/.bashrc
module purge #Kill all active modules
conda init bash
conda deactivate
conda deactivate
conda activate my_env

python my_script.py

正确激活环境。 （我已经做了很多工作来解决这个问题）但是，我刚刚找到了一些示例代码，例如

/anaconda3/envs/my_env/bin/python my_script.py

似乎不需要繁琐的停用和激活就可以做同样的事情。 他们真的在做同样的事情吗？ 如果是这样，哪个是更好的做法？

Answer 1

通过conda run子命令通常更好地在环境中执行程序化执行。 例如，

my_slurm_script.sh

#!/bin/bash -l
conda run -n my_env python my_script.py

阅读conda run --help了解详情。

Answer 2

当您激活一个 env 时，它只是将 python 可执行文件更改为/anaconda3/envs/my_env/bin/python而不是系统的 python 可执行文件/usr/bin/python外行术语。

更好的方法是使用 conda 的内置方法conda run -n env_name script.py 。