两列具有特定不同值时的子集数据框

Question

我有一个具有这种结构的数据框：

    ID  Chromosome.EU  Position.EU  Chromosome.AM  Position.AM
AX-875          chr02     50241802          chr02      1773016
AX-964          chr02     51189882          chr05      2720414
AX-873          chr04     51371415          chr04      2902066
AX-962          chr06     51442510          chr02      2973445
AX-872          chr05     51531135          chr02      3067694
AX-877          chr02     51806507          chr05      3357612
AX-869          chr05     51816808          chr05      3367924

我想得到一个子集，仅包括具有不同染色体位置的 ID，但仅根据这对chr02-chr05 ，即：

    ID  Chromosome.EU  Position.EU  Chromosome.AM  Position.AM
AX-964          chr02     51189882          chr05      2720414
AX-872          chr05     51531135          chr02      3067694
AX-877          chr02     51806507          chr05      3357612

我写了一个条件句，我的东西满足了我正在寻找的东西：

df[(df$Chromosome.EU=="chr02" & df$Chromosome.AM=="chr05") | (df$Chromosome.EU=="chr05" & df$Chromosome.AM=="chr02"),]

但是，对我来说似乎太长了，我想知道是否可以使用更简洁的结构。 提前致谢！

Answer 1

“tidyverse”解决方案。 我不确定这是否算作“更简洁”，但我认为它有点可读性。 您可以通过对染色体对进行排序和粘贴来创建一个新列，例如“chr02chr05”，然后对其进行过滤。

library(dplyr)
library(purrr)

df %>% 
  mutate(ChromPair = map2(Chromosome.EU, Chromosome.AM, ~
                          paste0(sort(c(.x, .y)), collapse = ""))) %>% 
  filter(ChromPair == "chr02chr05")

结果：

      ID Chromosome.EU Position.EU Chromosome.AM Position.AM  ChromPair
1 AX-964         chr02    51189882         chr05     2720414 chr02chr05
2 AX-872         chr05    51531135         chr02     3067694 chr02chr05
3 AX-877         chr02    51806507         chr05     3357612 chr02chr05