繁体   English   中英

如何打印包含部分输入的所有行?

[英]How to print all rows containing a part of input?

我有一个包含序列和基因名称的 csv 文件。 我想从用户那里获取输入并打印包含用户输入的所有行作为一部分。 例如我的数据是;

Gene 1    ATGCGGTCTA
Gene 2    ACGCCCATGA
Gene 3    TCGAC

当用户进入 GC 时,结果必须是

Gene 1   ATGCGGTCTA 
Gene 2   ACGCCCATGA

因为两者在序列中都有 GC。

到目前为止,我尝试;

import csv
import sys
import pandas as pd
csv_file = csv.reader(open('DATA.csv', "r"), delimiter=",")
z=input('what would you like to search?').lower()
if z=='sequence':
 s=input('Enter sequence : ').upper()
 df = pd.read_csv('DATA.csv')
 a = list(df['seq'])
 b = ' '.join(str(s) for s in a)
 c= b.find(s)

使用pandas并假设您的 dataframe 中带有序列的列称为sequences ,您可以执行以下操作: filtered_df = df[df['sequences'].str.contains(s)]

暂无
暂无

声明:本站的技术帖子网页,遵循CC BY-SA 4.0协议,如果您需要转载,请注明本站网址或者原文地址。任何问题请咨询:yoyou2525@163.com.

 
粤ICP备18138465号  © 2020-2024 STACKOOM.COM