用很少的替换匹配特定的模式

Question

嗨，我正在研究抗体，我必须使用 python 找到其抗原特异性的特定模式。我很想找到具有预定义替换数量的匹配模式。

我尝试了可能的排列/组合的正则表达式 (re.findall/re.search)，但这无法解决我的问题。 此外，在 inte.net 上搜索也无济于事。

不确定它是否需要 AI/ML 算法来匹配特定模式。

健康）状况：-

我想将任何给定的字符串与模式匹配，在任何 position 的substitution_list中最多有 4 个可能的替换，而不更改其原始框架。

substitution_list='A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N', 'P','Q','R','S','T','V','W','Y']

模式 =“AVTLDPQRSTSTRP”

例如：-

  string_1="AV**A**LDPQRSTSTRP" --> matched
  string_2="AV**A**LDPQ**C**STSTRP" --> matched
  string_3="AV**V**L**P**PQ**L**ST**L**TRP" --> matched
  string_4="**L**V**V**L**P**PQ**L**STS**C**RP" --> NOT matched (5 substitution)
  string_5="TRPAVQRSTLDPTS" --> NOT matched (original frame has changed)

谢谢。

Answer 1

在这种特殊情况下，我找到了一种方法（虽然很脏）可以帮助我。

  def match_pattern(string):
        pattern='AVTLDPQRSTSTRP'  ### standard template

        max_subs=4 ### maximum allowed substitutions
        score=0
        for i in range(len(string)):
            if string[i]!=pattern[i]:
                score+=1
        # print(score)
        if score <=max_subs:
            print('String matched')
        else:
            print('Not matched')

测试

 test_strings=["AVALDPQRSTSTRP" ,"AVALDPQCSTSTRP" ,"AVVLPPQLSTLTRP" ,"LVVLPPQLSTSCRP" ,"TRPAVQRSTLDPTS"]
 for string in test_strings:
     match_pattern(string)


  String matched
  String matched
  String matched
  Not matched
  Not matched