NotImplementedError: 转换 'rpy2py' 没有为类型 ' 的对象定义<class 'rpy2.rinterface.sexpclosure'> ' 只有在我运行代码两次之后</class>

Question

如果我运行下面的代码一旦它工作。

import numpy as np
import rpy2.robjects as robjects
x = np.linspace(0, 1, num = 11, endpoint=True)    
y = np.array([-1,1,1, -1,1,0, .5,.5,.4,  .5, -1])

r_x = robjects.FloatVector(x)
r_y = robjects.FloatVector(y)
r_smooth_spline = robjects.r['smooth.spline'] #extract R function
spline_xy = r_smooth_spline(x=r_x, y=r_y)
print('x =', x)
print('ysplined =',np.array(robjects.r['predict'](spline_xy,robjects.FloatVector(x)).rx2('y')))

如果我在 Jupyter notebook 中运行此单元格两次，我会收到以下错误消息：

---------------------------------------------------------------------------
NotImplementedError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-5efeb940cd16> in <module>
      6 r_x = robjects.FloatVector(x)
      7 r_y = robjects.FloatVector(y)
----> 8 r_smooth_spline = robjects.r['smooth.spline'] #extract R function
      9 spline_xy = r_smooth_spline(x=r_x, y=r_y)
     10 print('x =', x)

2 frames
/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/rpy2/robjects/conversion.py in _rpy2py(obj)
    250     non-rpy2) objects.
    251     """
--> 252     raise NotImplementedError(
    253         "Conversion 'rpy2py' not defined for objects of type '%s'" %
    254         str(type(obj))

NotImplementedError: Conversion 'rpy2py' not defined for objects of type '<class 'rpy2.rinterface.SexpClosure'>'

这段代码过去总是多次运行而没有问题。 可能是新版本的 python 或 rpy2 是问题所在？ 我该如何解决这个问题，以便我能够在一个 Jupyter notebook 中多次运行此代码。

此错误发生在以下版本： ipykernel版本 5.3.4，

!jupyter --version

Selected Jupyter core packages...
IPython          : 7.9.0
ipykernel        : 5.3.4
ipywidgets       : 7.7.1
jupyter_client   : 6.1.12
jupyter_core     : 4.11.2
jupyter_server   : not installed
jupyterlab       : not installed
nbclient         : not installed
nbconvert        : 5.6.1
nbformat         : 5.7.0
notebook         : 5.7.16
qtconsole        : not installed
traitlets        : 5.1.1

结合rpy2版本 3.5.5

import rpy2
print(rpy2.__version__)

3.5.5

Answer 1

这是由旧版本的ipykernel中的问题引起的。 我建议升级它而不是降级rpy2 。

请参阅https://github.com/rpy2/rpy2/issues/952

Answer 2

最简单的解决方法是运行一次：

!pip install -Iv rpy2==3.4.2

在 Jupyter-notebook 开始时为了回滚到版本3.4.2 ，这个问题没有发生（参见Rpy2 Error depends on execution method: NotImplementedError: Conversion "rpy2py" not defined ）。 有关如何更改 python 包版本的更多信息，请参阅在 Goolge Colab 中回滚到特定版本的 python 包和使用 pip 安装特定包版本）

了解如何正确使用最新版本的rpy2仍然很有趣。