编译 R 包时出错：Eigen/Core: new: no file or directory

Question

这是我关于堆栈的第一个问题。 希望我正确地遵循指导方针......

设备

• Thinkpad系列
• Manjaro KDE（内核 5.13）
• 新鲜 R 安装 (4.2)
• 新鲜 Rstudio 安装
• 昨天晚上安装了几个包，大致遵循这个路线图（它包括 rstan，它有特定的安装要求）

问题

所以，在rstudio安装几个R（4.2）的包，我遇到了几个依赖项（但不是全部）的相同错误。 例如，此处用于mvtnorm或nleqslv （两者都在安装brms ）。 （请参阅此消息底部的错误）。

问题似乎与位于 Rcppeigen 目录中的 Eigen/Core header 的第 82 行有关。 编译器无法正确理解#include <new> 。

我已经做了什么

• 尝试重新安装 Rcppeigen（但没有用）
• 围绕这个问题的在线查询include new问题：我发现了一些类似的错误，但只有非常令人惊讶的设备（比如这里的 Arduino）......

因为我在 Thinkpad 笔记本电脑上，所以不应该出现。 我应该使用另一个编译器吗？

谢谢你的帮助 ！

日志

* installing *source* package ‘mvtnorm’ ...
** package ‘mvtnorm’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** libs
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG   -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/Rcpp/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/unsupported"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/BH/include" -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/src/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppParallel/include/"  -I"/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/rstan/include" -DEIGEN_NO_DEBUG  -DBOOST_DISABLE_ASSERTS  -DBOOST_PENDING_INTEGER_LOG2_HPP  -DSTAN_THREADS  -DBOOST_NO_AUTO_PTR  -include '/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp'  -D_REENTRANT -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1   -I/usr/local/include   -fpic  -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -fexceptions         -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wformat -Werror=format-security         -fstack-clash-protection -fcf-protection -flto=auto -ffat-lto-objects  -c C_FORTRAN_interface.c -o C_FORTRAN_interface.o
Dans le fichier inclus depuis /home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/Eigen/Dense:1,
                 depuis /home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp:13,
                 depuis <ligne-de-commande>:
/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/RcppEigen/include/Eigen/Core:82:12: erreur fatale: new : Aucun fichier ou dossier de ce type
   82 |   #include <new>
      |            ^~~~~
compilation terminée.
make: *** [/usr/lib64/R/etc/Makeconf:169 : C_FORTRAN_interface.o] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package ‘mvtnorm’
* removing ‘/home/jpapir/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/mvtnorm’
Warning in install.packages :
  l'installation du package ‘mvtnorm’ a eu un statut de sortie non nul

Answer 1

好吧，经过几个小时的堆叠，我终于自己解决了它。

所以。 为了安装 Rstan，我遵循了这些说明。 为了还原它，我删除了文件.R/Makevars的内容，然后重新启动 R。我不知道为什么会产生此错误。 但这个问题现在似乎已经解决了。