通过rpy2在Python中运行测试的问题

Question

鉴于我是在两周前开始编码的，所以我觉得这将是一个快速修复。 我尝试通过使用已经通过Rpy2在R中编写的function（？）在Python中运行统计测试-Mantel，以查找两个距离矩阵之间的相关性。 R模块是“ ade4”，其中包含“ mantel.rtest”

from rpy2 import robjects

import rpy2.robjects as robjects

robjects.r('library(ade4)')
**EDIT** rmantel = robjects.r("mantel.rtest")

for i in windownA:

    M1 = asmatrix(identityA[i]).reshape(14,14)

    for j in windownB:

        M2 = asmatrix(identityB[j]).reshape(14,14)

       **EDIT** result = rmantel (M1, M2, nrepet = 9999)
        print result
        print ' '

编辑：这现在有效！ “这将返回错误： “ AttributeError：'R'对象没有属性'mantel'” ，这使我相信此处调用的对象在“。”（即“ mantel”）与完整的“ mantel.rtest”处被截断了。我尝试将“ mantel.rtest”重新分配为不带“。”的对象，例如rmantel =“ mantel.rtest”，然后将结果= robjects.r.rmantel（M1，M2，nrepet = 9999）替换为收到错误： “ AttributeError：'R'对象没有属性'rmantel'” -从而无法正常工作。关于如何解决此问题的任何想法？

新问题 ： Mantel测试需要“ dist”格式的数据，因此，当我运行编辑后的代码时，会收到以下错误“ RRuntimeError：函数错误（m1，m2，nrepet = 99）：预期为'dist'类的对象”

因此，我尝试将文件转换为该格式，然后在打印结果时，它是正确大小的矩阵的下半部分，但是所有字段都填充有“ NA”

robjects.r('library(ade4)')
rmantel = robjects.r("mantel.rtest")

distify = robjects.r("dist")

for i in windownA:

    M1 = asmatrix(identityA[i]).reshape(14,14)
    print distify(M1)
    MOne = distify(M1, 14)

    for j in windownB:

        M2 = asmatrix(identityB[j]).reshape(14,14)
        print distify(M2)
        MTwo = distify(M2, 14)

        result = rmantel(M1, M2, nrepet = 9999)
        print result
        print ' '

我明白了

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

2不适用

3不适用

4不适用不适用

5不适用不适用不适用

6不适用不适用不适用不适用

7不适用不适用不适用不适用

8不适用不适用不适用不适用不适用

9不适用不适用不适用不适用不适用

10不适用不适用不适用不适用不适用不适用

11不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用

12不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用

13不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用

14不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用

Answer 1

尝试robjects.r['mantel.rtest'] ：

In [1]: %cpaste
Pasting code; enter '--' alone on the line to stop.
:from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('library(ade4)')
::::::--

In [3]: robjects.r['mantel.rtest']
Out[5]: <RFunction - Python:0xa2aac0c / R:0xac9ec04>

这也适用：

In [8]: robjects.r('mantel.rtest')
Out[8]: <RFunction - Python:0xaf7042c / R:0xac9ec04>

编辑（针对新问题）：由于您说mantel.rtest需要dist格式的数据，因此我认为M1和M2应该为dist格式。 但是M1和M2似乎是numpy数组。 另一方面， MOne和MTwo看起来可能是dist格式。

所以也许尝试

result = rmantel(MOne, MTwo, nrepet = 9999)

Answer 2

从rpy2-2.1.x开始，推荐的简单方法是：

from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')
ade4 = importr('ade4')

result = ade4.mantel_rtest(stats.dist(M1),
                           stats.dist(M2),
                           nrepet)