使用图运行R脚本

Question

我有一个小的shell脚本（bash），它运行一个R脚本，生成一个绘图作为输出。 在剧情呈现R退出之后，一切都运行良好但是即时。 有没有办法让R会话保持活动状态，直到绘图窗口关闭。

shell脚本。

#!/bin/bash
R --slave --vanilla < myscript.r

和R脚本。

daq = read.table(file('mydata.dat'))
X11()
pairs(daq)
//R Completes this and then exits immediately.

在此先感谢您的帮助！

Answer 1

如果使用Rscript命令（更适合此目的），则运行如下：

#!/usr/bin/Rscript

daq = read.table(file('mydata.dat'))
X11()
pairs(daq)

message("Press Return To Continue")
invisible(readLines("stdin", n=1))

确保在myscript.r上设置执行权限，然后运行如下：

/path/to/myscript.r

或没有shebang：

Rscript /path/to/myscript.r

Answer 2

您可以添加一个每n秒检查一次图形设备的循环：

while (!is.null(dev.list())) Sys.sleep(1)

这将睡眠，直到您关闭绘图窗口。

Answer 3

这不是一个完美的解决方案，但您可以在plot命令之后调用locator() 。
或者只是将绘图保存为pdf，然后使用system在其上调用pdf viewer。

Answer 4

一种解决方案是将图形写为pdf而不是：

pdf(file="myplot.pdf")

##your plot command here
plot( . . . )

dev.off()

Answer 5

更重要的问题是为什么你希望R在图形创建后运行？ 在交互模式或批处理模式下使用它...我不明白你想要完成什么。 此外，尝试littler ，它位于在Ubuntu回购（回购宇宙，如果我是正确的），或Rscript ，因此重写你的脚本，并myscript.r的名字，并且一定要放在正确的路径在第一线。 尝试whereis Rscript是whereis Rscript （通常是/ usr / bin / Rscript）。 忘记bash脚本。 你可以将--vanilla和--slave参数传递给Rscript，但是我没有看到目的...... O_o