R：rJava 包安装失败

Question

使用install.packages("rJava")命令安装 rJava 时，出现以下错误：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

我安装了 Java JDK 并且java -version返回以下内容：

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

当谷歌搜索错误时，我发现其他人也有同样的问题，但除了我已经完成的“安装整个 JDK，而不仅仅是 JRE”之外，没有找到解决方案。

我读到的另一件事是运行sudo R CMD javareconf ，它运行得很愉快，没有错误。

任何想法我的问题是什么？

[[编辑]]我已经有几个月没有遇到这个问题了。 我最初通过编辑我的 Java 路径解决了这个问题，如我在下面发布的答案中所示。 我最近在新的 Ubuntu 安装中遇到了同样的问题。 我尝试了 Dirk 的建议，使用 apt-get 来安装 rJava 包。 它工作得很好。 我最初没有意识到的是，使用 Ubuntu apt-get 方法安装软件包与仅使用 R 中的 install.packages() 加载相同的软件包有着根本的不同。 Ubuntu 软件包解决了一些我没有意识到或没有意识到的问题.

Answer 1

不会

apt-get install r-cran-rjava

更容易了？ 你可以在useR 上问我！ :)

Answer 2

原来我的问题是我的JAVA_HOME环境变量的问题。 是的，我知道令人震惊。 我对PATH和JAVA_HOME初始设置如下所示：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

我添加了/jre所以它现在看起来像这样：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

如果没有/jre ，Java 中的一切似乎都可以正常工作，但 rJava 则不行。 奇怪的。

Answer 3

这就是我让它工作的方式：

在 Linux 中（Ubuntu 16.04 和 20.04 工作确认）

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

在 R：

install.packages("rJava")

Answer 4

谢谢 - 您对$JAVA_HOME的建议使我找到了类似的解决方案：

unset JAVA_HOME

在调用 R 之前。

Answer 5

我遇到了同样的问题，它在运行下面的命令后工作。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

请参阅http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html 上的详细信息

Answer 6

这在 Ubuntu 12.04 和 R 3.0 版上对我有用

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

这是包含 jni.h 的目录

接下来创建指向另一个所需头文件的软链接（我懒得找出如何在下面的 JAVA_CPPFLAGS 选项中包含多个目录）：

sudo ln -s linux/jni_md.h .

最后

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Answer 7

以下是我在另一篇文章中的回答之一 - 错误：现在无法加载已安装的软件包
（这也与这个问题有关）

对于 Linux(Ubuntu) 用户：如果您安装了oracle-java (7/8) 。 它将在此位置/usr/lib/jvm并且需要sudo访问权限。

使用以下条目创建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf ：

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

（根据您的 Java 版本将 java-8-oracle 替换为 java-7-oracle）

然后：

sudo ldconfig

重新启动 RStudio，然后安装 rJava 包。

Answer 8

在 AMD64 上在 Gentoo 下运行 R。 我升级到 R 2.12.0

扬·范德米尔

Answer 9

我尝试安装 openjdk-7-* 但仍然在安装 rJava 时遇到问题。 结果我重新启动计算机后，就完全没有问题了。

所以

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Answer 10

rJava 包查找/usr/lib/jvm/default-java/文件夹。 但它不是默认可用的。 此文件夹具有为系统配置的默认 java 的符号链接。

要激活默认 java 安装以下软件包：

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

在带有 CRAN R 3.4.1 的 ubuntu 17.04 上测试

Answer 11

对我/usr/lib/R/etc/javaconf是从文件/usr/lib/R/etc/javaconf更改 JAVA_HOME

我首先检查了我启用的 Java 版本： sudo update-alternatives --config java 。 就我而言，它是java-8-oracle

我打开了文件/usr/lib/R/etc/javaconf并用java-8-oracle替换了default-java ：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

取而代之：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

然后sudo R CMD javareconf

我重新启动了 RStudio，然后可以安装 rJava。

Answer 12

我在这里做的是：

在 /etc/apt/sources.list 中，添加：
deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

注意：rjava 应该是最新版本

2 运行： sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

一旦更新了旧版本的rjava，就可以安装rhdfs_1.0.8。

Answer 13

我通过下载使其工作： https ://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz 并运行命令 R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

Answer 14

我在使用 Windows 10 时遇到了同样的问题。我已经使用以下过程解决了这个问题

从https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp下载 Java for 64-bit windows\\Install it
从https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html下载 Java 开发工具包，用于 64 位 Windows\\安装它
然后右键单击桌面\\属性\\高级系统设置\\高级\\环境变量\\在系统变量下选择路径\\单击编辑\\单击新建\\复制并粘贴路径“C:\\Program Files\\Java\\jdk1”中的“This PC”图标.8.0_201\\bin”和“C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_201\\bin”（不带引号）\\OK\\OK\\OK

注意：jdk1.8.0_201 和 jre1.8.0_201 会根据 Java 开发包和 Java 的版本而改变

在 Environment Variables 窗口中，转到 User variables for User\\单击 New\\Put Variable name as “JAVA_HOME”和变量值作为 “C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201\\bin”\\Press OK

要检查安装，请打开 CMD\\Type javac\\Press Enter 并键入 java\\press enter 它将显示

在 RStudio 中运行

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注意：jdk1.8.0_201会根据Java开发包的版本而变化

现在您可以毫无问题地安装和加载 rJava 包。

Answer 15

问题是 rJava 不会安装在RStudio （ Version 1.0.136 ）中。 以下对我macOS Sierra version 10.12.6 （ macOS Sierra version 10.12.6 ）（在这里找到）：

步骤 1：从这里下载并安装javaforosx.dmg

步骤 2：接下来，从 RStudio 内部运行命令：

install.packages("rJava", type = 'source')

Answer 16

在 Arch Linux 上，我需要安装openjdk-src才能使 JNI 路径正常工作。

换句话说，这些是我在sudo R CMD javareconf成功运行之前需要安装的包：

local/jdk-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 development kit
local/jre-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 full runtime environment
local/jre-openjdk-headless 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 headless runtime environment
local/openjdk-src 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 sources

Answer 17

假设你有 sudo 权限，而不是在包管理器使这更容易的 Ubuntu 中——我尝试了先前答案的变体，并在非 Ubuntu 的 Databricks 博客上找到了这个 gem ( https://kb.databricks.com/r/install-rjava-rjdbc -libraries.html )

安装的JDK

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

验证 libjvm.so 的路径； for me-->

cd /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64 
grep -r libjvm

输出：

Binary file server/libjvm.so matches <<<<<<<<

做java配置

    sudo R CMD javareconf

删除先前版本的软件包并从 RStudio 的 CRAN 镜像中安装“rJava”
重启 RStudio
在 RStudio 中验证指向 libjvm.so 的链接

    dyn.load('/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so')
    library('rJava')

Answer 18

我遇到在Ubuntu 16.04类似的问题，并能够通过创建一个名为“默认Java”的文件夹来解决它/usr/lib/jvm ，并复制到它的所有内容的/usr/lib/jvm/java-8-oracle 。 我选择了这个解决方案，因为纠正 JAVA_HOME 环境变量没有用。

R：rJava 包安装失败

问题描述

18 个解决方案

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119 2010-07-24 14:31:33

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在 Linux 中（Ubuntu 16.04 和 20.04 工作确认）

在 R：

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R：rJava 包安装失败

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在 Linux 中（Ubuntu 16.04 和 20.04 工作确认）

在 R：

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