使用每一行的条件在data.frame中创建一个新列

Question

我有一个R数据框：

> tab1
  pat  t conc
1  P1  0  788
2  P1  5  720
3  P1 10  655
4  P2  0  644
5  P2  5  589
6  P2 10  544

我试图创建一个新的列conc的百分比conc在t = 0为每一个病人。 以及许多其他事情，我尝试过：

tab1$conct0 <- tab1$conc / tab1$conc[tab1$t == 0  & tab1$pat == tab1$pat]

但是我显然与正确的代码相距甚远，这意味着“对于此特定行，conc WHERE t == 0 AND pat == pat”

我确定我可以使用for循环之类的东西，但希望有更简单的东西吗？

谢谢

Answer 1

与plyr：

library(plyr)
ddply(tab1, "pat", transform, conct0 = conc / conc[t == 0])

Answer 2

我会发现每个患者的起始浓度：

startConc <- tab1[tab1$t == 0,]

从您的示例数据中得出

  pat t conc
1  P1 0  788
4  P2 0  644

之后，您可以使用apply

newconc <- apply(tab1, 1, function(x){as.numeric(x[3])/startConc[startConc$pat==x[1],3]})

这给你

[1] 1.0000000 0.9137056 0.8312183 1.0000000 0.9145963 0.8447205

Answer 3

一种临时的方式可以做到这一点，但是在这种情况下可以工作：

xt <- xtabs(conc~t+pat,tab1)
tab1$conct0 <- as.numeric(t(t(xt)/xt[1,])) # need to use transpose because of the way matrix vector indexing works

xt[1,]代表t=0的行； 您也可以使用xt["0",] 。

编辑

一种更强大的方法：

tabt <- subset(tab1,t==0)
names(tabt)[3] <- "conct0"
tab1 <- merge(tab1,tabt[,c(1,3)])
tab1$conct0 <- tab1$conc/tab1$conct0

Answer 4

我会用tapply 。 根据您的数据：

tab1 <- data.frame(
    pat = c(rep("P1", 3), rep("P2", 3)),
    t = c(0, 5, 10, 0, 5, 10),
    conc = c(788, 720, 655, 644, 589, 544))

这种单线将以您在帖子中暗示的方式为您完成：

> tab1$conc / tab1$conc[tab1$t == 0][tapply(tab1$pat, tab1$pat)]
[1] 1.0000000 0.9137056 0.8312183 1.0000000 0.9145963 0.8447205

没有任何功能的tapply会为每行创建一个匹配患者ID（编号）的行索引。 我发现此方法相当快速且实用。 但这假设您的患者ID已订购。 如果这是一个问题，我们可以确保它们符合患者ID顺序：

> tab1$conc / tab1$conc[tab1$t == 0][order(unique(tab1$pat))][tapply(tab1$pat, tab1$pat)]
[1] 1.0000000 0.9137056 0.8312183 1.0000000 0.9145963 0.8447205

如果您经常使用它，我会为此编写一个函数，例如：

myFract <- function(obj, x = "conc", id = "pat", time = "t", start = NULL) {
    if (is.null(start)) start <- min(obj[, time])
    ii <- which(obj[, time] == start)
    ii <- ii[order(unique(obj[, id]))][tapply(obj[, id], obj[, id])]
    obj[, x] / obj[ii, x]
}

这样：

> myFract(tab1)
[1] 1.0000000 0.9137056 0.8312183 1.0000000 0.9145963 0.8447205

Answer 5

如果您可以安全地认为自己的注意力不会随着时间的流逝而上升，那么为此计算出的最短和最快的答案就是...

tab1$concp <- ave(tab1$conc, tab1$pat, FUN = function(x) x/max(x))