如何在foreach（…，.packages =“ pkg”）％dopar％中指定R包的位置

Question

我的“ pkg”安装在其他地方，如何告诉foreach在哪里找到软件包？

foreach(i = 1:2,.packages="pkg") %dopar% { ... }

这给我错误信息：

worker initialization failed: there is no package called 'pkg'

谢谢您的帮助。

Answer 1

另一种方法是在调用foreach之前将.libPaths发给所有工作程序：

library(foreach)
library(doParallel)

#setup parallel backend to use 8 processors
cl<-makeCluster(8)
registerDoParallel(cl)

# pass libPath to workers, NOTE THIS LINE
clusterCall(cl, function(x) .libPaths(x), .libPaths())

parallelResults <- foreach(i = 1:42, .combine = rbind) %dopar% {
    # do your stuff
}

Answer 2

您可以使用.libPaths()函数在运行的会话中设置库路径。

否则，诸如~/.Renviron类的启动文件会有所帮助，请参见?Startup 。

最后，如果使用foreach来运行不同的计算机，则需要注意每台计算机上的库路径。

Answer 3

您可以在函数内部指定libPaths

foreach(i = 1:2) %dopar% { .libPaths("your_location_to_pkg") library("pkg") ... }