如何在foreach（…，.packages =“ pkg”）％dopar％中指定R包的位置

Question

我的“ pkg”安裝在其他地方，如何告訴foreach在哪里找到軟件包？

foreach(i = 1:2,.packages="pkg") %dopar% { ... }

這給我錯誤信息：

worker initialization failed: there is no package called 'pkg'

謝謝您的幫助。

Answer 1

另一種方法是在調用foreach之前將.libPaths發給所有工作程序：

library(foreach)
library(doParallel)

#setup parallel backend to use 8 processors
cl<-makeCluster(8)
registerDoParallel(cl)

# pass libPath to workers, NOTE THIS LINE
clusterCall(cl, function(x) .libPaths(x), .libPaths())

parallelResults <- foreach(i = 1:42, .combine = rbind) %dopar% {
    # do your stuff
}

Answer 2

您可以使用.libPaths()函數在運行的會話中設置庫路徑。

否則，諸如~/.Renviron類的啟動文件會有所幫助，請參見?Startup 。

最后，如果使用foreach來運行不同的計算機，則需要注意每台計算機上的庫路徑。

Answer 3

您可以在函數內部指定libPaths

foreach(i = 1:2) %dopar% { .libPaths("your_location_to_pkg") library("pkg") ... }