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[英]How to plot with ggplot2 a geom_bar graph with color fillings from a data.frame
[英]subset data.frame for ggplot2 bar chart
我有以下数据:
Splice.Pair proportion
1 AA-AG 0.010909091
2 AA-GC 0.003636364
3 AA-TG 0.003636364
4 AA-TT 0.007272727
5 AC-AC 0.003636364
6 AC-AG 0.003636364
7 AC-GA 0.003636364
8 AC-GG 0.003636364
9 AC-TC 0.003636364
10 AC-TG 0.003636364
11 AC-TT 0.003636364
12 AG-AA 0.010909091
13 AG-AC 0.007272727
14 AG-AG 0.003636364
15 AG-AT 0.003636364
16 AG-CC 0.003636364
17 AG-CT 0.007272727
... ... ...
我想获得一个条形图,可视化每个拼接对的比例,但仅适用于比例超过 0.004 的拼接对。 我尝试了以下方法:
nc.subset <- subset(nc.dat, proportion > 0.004)
qplot(Splice.Pair, proportion, data=nc.dat.subset,geom="bar", xlab="Splice Pair", ylab="Proportion of total non-canonical splice sites") + coord_flip();
但这只是给了我一个条形图,其中包含 Y 轴上的所有拼接对,除了被过滤掉的拼接对是缺失的条形图。
我不知道发生了什么让所有类别仍然存在:s
发生的事情是 Splice.Pair 是一个因素。 当您对数据框进行子集化时,该因子将保留其级别属性,该属性仍然具有所有原始级别。 您可以通过简单地将子集包装在droplevels
中来避免此类问题:
nc.subset <- droplevels(subset(nc.dat, proportion > 0.004))
更一般地说,如果您不喜欢这种自动保留因子级别,您可以设置 R 以将字符串存储为字符向量而不是默认情况下的因子,方法是:
options(stringsAsFactors = FALSE)
在 R session 的开头(这也可以作为选项传递给data.frame
)。
编辑
关于运行可能缺少droplevels
的旧版本 R 的问题,@rcs 在评论中指出,单因素的方法很容易自己实现。 数据帧的方法只是稍微复杂一点:
function (x, except = NULL, ...)
{
ix <- vapply(x, is.factor, NA)
if (!is.null(except))
ix[except] <- FALSE
x[ix] <- lapply(x[ix], factor)
x
}
但当然,最好的解决办法还是升级到最新版本的R。
检查 Splice.Pair 是否是一个因素。 如果是这种情况,请使用droplevels()
删除不再用于解决问题的级别。
nc.subset <- subset(nc.dat, proportion > 0.004)
nc.subset$Splice.Pair <- droplevels(nc.subset$Splice.Pair)
qplot(Splice.Pair, proportion, data=nc.dat.subset,geom="bar", xlab="Splice Pair", ylab="Proportion of total non-canonical splice sites") + coord_flip();
您也许可以将droplevels
合并到qlot
中,但那是您自己找到的:-)
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