setup.py适用于依赖于cython和f2py的软件包

Question

我想为python包创建一个setup.py脚本，其中包含几个依赖于cython和f2py的子模块。 我试图使用setuptools和numpy.distutils，但到目前为止失败了：

使用setuptools

我可以使用setuptools编译我的cython扩展（并为包的其余部分创建一个安装）。 但是，我无法弄清楚如何使用setuptools来生成f2py扩展。 经过广泛的搜索，我只发现了像这样的旧消息 ，声明必须使用numpy.distutils编译f2py模块。

使用numpy.distutils

我可以使用numpy.distutils编译我的f2py扩展（并为包的其余部分创建安装）。 但是，我一直无法弄清楚如何让numpy.distutils编译我的cython扩展，因为它总是尝试使用pyrex来编译它（我使用的是特定于cython的扩展）。 我已经做了一个搜索来弄清楚如何为cython文件获取numpy.distutils - 至少在一年前 - 他们建议将一个猴子补丁应用于numpy.distutils。 似乎应用这样的猴子补丁也限制了可以传递给Cython的选项。

我的问题是：为依赖于f2py和cython的软件包编写setup.py脚本的推荐方法是什么？ 是否应用numpy.distutils补丁真的要走了吗？

Answer 1

您可以在setup.py中单独调用每个
http://answerpot.com/showthread.php?601643-cython%20and%20f2py

# Cython extension
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

setup(
  ext_modules = [Extension( 'cext', ['cext.pyx'] )],
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  script_args = ['build_ext', '--inplace'],
)

# Fortran extension
from numpy.distutils.core import setup, Extension
setup(
  ext_modules = [Extension( 'fext', ['fext.f90'] )],
)

你的调用上下文（我认为他们称之为命名空间，不确定）
必须改变当前对象的扩展和功能
setup（）是。

第一个setup（）调用，它是distutils.extension.Extension
和distutils.core.setup（）

第二个setup（）调用，它是numpy.distutils.core.Extension
和numpy.distutils.core.setup（）

Answer 2

原来这不再是真的。 使用setuptools和distutils （至少是numpy版本），可以使用C，Cython和f2py进行扩展。 唯一需要注意的是，要编译f2py模块，必须始终对setup和Extension函数使用numpy.distutils 。 但是setuptools仍然可以用于安装（例如，允许使用python setup.py develop安装开发人员版本）。

要专门使用distutils请使用以下命令：

from numpy.distutils.core import setup
from numpy.distutils.extension import Extension

要使用setuptools ，您需要在distutils导入之前导入它：

import setuptools

然后其余的代码是相同的：

from numpy import get_include
from Cython.Build import cythonize

NAME = 'my_package'
NUMPY_INC = get_include()
extensions = [
    Extension(name=NAME + ".my_cython_ext", 
              include_dirs=[NUMPY_INC, "my_c_dir"]
              sources=["my_cython_ext.pyx", "my_c_dir/my_ext_c_file.c"]),
    Extension(name=NAME + ".my_f2py_ext", 
              sources=["my_f2py_ext.f"]),
]
extensions = cythonize(extensions)
setup(..., ext_modules=extensions)

显然你需要将所有其他东西放在setup()调用中。 在上面我假设你将使用numpy和Cython，以及将在my_c_dir/的外部C文件（ my_ext_c_file.c ），并且f2py模块只是一个Fortran文件。 根据需要调整。