将变量传递给awk时出错

Question

我正在尝试使用awk -v将外部变量传递给awk，但是无法弄清楚我的问题是什么！

for ((c=1;c<=22;c++));do cat hg19.gap.bed|awk -v var={chr"$c"} '{if ("$1"=="$var") print}' > $var.cbs;done

这个命令有什么问题？ 谢谢

Answer 1

在awk中，仅字段变量以$开头。 而且您不希望awk中使用双引号。 尝试if ($1 == var) ...

实际上，使用$var意味着索引中存储在var的字段，在这种情况下不是有效字段（但是您可以使用它来遍历这些字段）。

Answer 2

var={chr"$c"}应该产生什么？

在这种情况下，它确实产生的是{chr1} ， {chr2} ，...， {chr22} 。

请注意，变量var是awk变量，而不是shell变量。 您必须重定向到"{chr$c}.cbs"以获取22个单独的文件。 在脚本内， $var将始终为$0因为var的数字为0 。

您肯定可以一次完成所有操作，而不必运行22次命令。 假设您在MacOS X（BSD）上使用gawk （GNU Awk ）或awk或任何POSIX兼容的awk ，则可以编写：

awk '$1 ~ /\{chr([1-9]|1[0-9]|2[012])\}/ {file=$1".cbs"; print $0 >file;}' hg19.gap.bed

这样一来就可以通过数据文件完成整个工作。

Answer 3

我假设chr只是一些字符串，并且您想与chr1，chr2等匹配。

for ((c=1;c<=22;c++));do cat hg19.gap.bed | awk -v var=chr"$c" '"$1"==var {print}' > chr"$c".cbs;done

让我知道这是否适合您。