将DICOM转换为TIFF

Question

我是Python的新手，请原谅我的无知如果我没有正确的信息。 我正在尝试通过目录栅格并将所有DICOM文件转换为TIFF文件。 我已经获得了搜索功能，但我很难将图像保存为TIFF。 我正在使用pydicom库来读取DICOM并操纵头信息。 另外，我尝试使用pydicom中的save_as函数保存到TIFF，但我宁愿使用PIL中的save函数来正确设置TIFF的压缩。 我认为问题在于我不能/不理解如何从DICOM中提取实际图像数据并将其放在新图像中。非常感谢任何帮助...干杯

Python 2.7 PIL 1.1.7 Pydicom 0.9.6

Answer 1

虽然我不记得该网站，但是当我将其应用于我的代码时，在这里也为其他人分享了以下内容：

 import pylab
 import dicom
 ImageFile=dicom.read_file(<SourceFilePath>) #Path to "*.dcm" file
 pylab.imshow(ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone) #to view image

或者如果你想保存图像，那么使用： pylab.imsave('<DestinationFilePath>',ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone)

默认情况下， imsave会以.png格式保存图像。 如果支持，您可以在imsave()指定所需的格式。

希望它有用。

Answer 2

如果您知道如何使用PIL将图像数据保存为.tiff ，则此示例应该可以帮助您将图像数据从pydicom到PIL （ 注释中有更多内容）。