在ubuntu上建立R（cran）+ rpy2 - >找不到libRblas.so

Question

我试图在ubuntu（11.04，natty narwhal）上构建R（尝试2.14.2和2.15）和rpy2（2.2.6，python 2.7.1），将其部署到自定义目录（在下面名为/ home / me / lib / R），因为我没有root访问权限，但需要比服务器上提供的版本更新的版本。

构建等细节进一步向下，但即使运行rpy2的测试，我总是得到以下错误：

/home/me/lib/pythonlib/lib/python/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>()
---> 87 from rpy2.rinterface._rinterface import *
ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory
WARNING: Failure executing file: <experiments/arrangement/test_smacof_arrange.py>

我确信我正在调用正确的rpy2模块（我自定义构建的模块），它是针对自定义构建的R版本构建的。 要做到这一点，我正在做以下事情：

1. 我首先在ubuntu上构建R-base

    wget http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/natty/r-base_2.14.2.orig.tar.gz # untar and go to directory # enable-R-shblib flag is needed for rpy2 linking, enable-BLAS-shlib was included # because I hoped to solve the problem, which doesnt change anything however ./configure --enable-R-shlib --enable-BLAS-shlib --prefix=/home/me/lib/R make make install 

2. 然后我针对这个R版本构建rpy2

    wget http://pypi.python.org/packages/source/r/rpy2/rpy2-2.2.6.tar.gz # untar and go to directory # build rpy2, by providing the r-home-lib and r-home flags, and deploy to custom dir python setup.py build --r-home /home/me/lib/R --r-home-lib /home/me/lib/R/lib64/R/lib install --home /home/me/lib/pythonlib 

   我也调整了我的pythonpath来查找/ home / me / lib / pythonlib中的模块，所以问题不在那里。 python构建返回正确的配置（注意Rblas出现在这里！）

    Configuration for R as a library: include_dirs: ('/home/me/lib/R/lib64/R/include',) libraries: ('R', 'Rblas', 'Rlapack') library_dirs: ('/home/me/lib/R/lib64/R/lib',) extra_link_args: () 

我试图追查错误，但没有尽头。 / home / me / lib / R / lib64 / R / lib包含libRblas.so，但是有一件事看起来很奇怪，那就是libRblas.so没有从libR.so正确链接，但我不确定是否有问题这会导致错误，我也不知道如何解决它。

>> ldd -d libR.so

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffcec58000)
libRblas.so => not found
libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007fe63d21d000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fe63cf97000)
...

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

对于遇到此问题的其他人，我能够通过确保将R库添加到bashrc中的库路径来解决它：

export LD_LIBRARY_PATH="R-install-location/lib65/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

Answer 2

简述：

1. 为什么在Ubuntu上构建R？ 只需按照http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu上的自述文件从CRAN repo中获取现有和当前二进制文件 - 这些是当前Debian软件包的端口，可通过CRAN获取以克服正常的Ubuntu发布滞后。

2. 每当我在Ubuntu上需要一个更新的（小）包时，我只需抓住Debian包源并在Ubuntu上重建它们。 关于如何建立一个包，网上应该有足够的HOWTO; 最小的是a）关闭三元组.orig.tar.gz，.diff.gz和.dsc并使用dpkg-sourcepackage -x *.dsc进行扩展，然后b）切换到目录并运行sudo debian/rules binary （如果您已安装所有Build-Depends：软件包）。 您甚至可以使用apt-get为您执行这些步骤，但它会超出此问题的范围......