以文本/表格格式显示TraMineR（R）树形图

Question

我使用以下R代码生成带有基于TraMineR序列的标签的树形图（参见附图）：

library(TraMineR)
library(cluster)
clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2, labels=colnames(twitter_sequences))

完整代码（包括数据集）可以在这里找到。

由于树形图以图形方式提供信息，因此以文本和/或表格格式获取相同信息将非常方便。 如果我调用对象clusterward的任何方面（由agnes创建），例如“order”或“merge”，我会使用数字标记所有内容，而不是从colnames(twitter_sequences)获得的名称。 另外，我看不出如何输出树形图中以图形方式表示的分组。

总结一下： 如何使用R以及理想情况下的电车/集群库正确显示标签，以文本/表格格式获取集群输出？

Answer 1

问题涉及cluster包。 agnes返回的agnes.object的帮助页面（参见http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/agnes.object.html ）表明该对象包含一个order.lab组件“类似于order ，但包含观察标签而不是观察数字。此组件仅在原始观察结果被标记时可用。”

TraMineR生成的相异矩阵（在您的情况下为twitter.om ）当前不会将序列标签保留为行名和列名。 要获得order.lab组件，您必须手动分配序列标签作为两个rownames和colnames您的twitter.om矩阵。 我在这里用TraMineR包提供的mvad数据进行说明。

library(TraMineR)
data(mvad)
## attaching row labels 
rownames(mvad) <- paste("seq",rownames(mvad),sep="")
mvad.seq <- seqdef(mvad[17:86]) 
## computing the dissimilarity matrix
dist.om <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")
## assigning row and column labels 
rownames(dist.om) <- rownames(mvad) 
colnames(dist.om) <- rownames(mvad) 
dist.om[1:6,1:6]

## Hierarchical cluster with agnes library(cluster) 
cward <- agnes(dist.om, diss = TRUE, method = "ward")

## here we can see that cward has an order.lab component 
attributes(cward)

这是获得order与序列标签而不是数字。 但现在我不清楚你想要的文本/表格形式的集群结果。 从树形图中，您可以决定要切割它的位置，即所需的组数，并使用cutree切割树形图，例如cl.4 <- cutree(clusterward1, k = 4) 。 结果cl.4是具有每个序列的聚类成员资格的向量，您将获得组1的成员列表，例如，使用rownames(mvad.seq)[cl.4==1] 。

或者，您可以使用identify方法（参见?identify.hclust ）从图中以交互方式选择组，但需要将参数作为as.hclust(cward)传递。 这是示例的代码

## plot the dendrogram
plot(cward, which.plot = 2, labels=FALSE)

## and select the groups manually from the plot
x <- identify(as.hclust(cward)) ## Terminate with second mouse button

## number of groups selected
length(x)
## list of members of the first group
x[[1]] 

希望这可以帮助。