以文本/表格格式顯示TraMineR（R）樹形圖

Question

我使用以下R代碼生成帶有基於TraMineR序列的標簽的樹形圖（參見附圖）：

library(TraMineR)
library(cluster)
clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2, labels=colnames(twitter_sequences))

完整代碼（包括數據集）可以在這里找到。

由於樹形圖以圖形方式提供信息，因此以文本和/或表格格式獲取相同信息將非常方便。 如果我調用對象clusterward的任何方面（由agnes創建），例如“order”或“merge”，我會使用數字標記所有內容，而不是從colnames(twitter_sequences)獲得的名稱。 另外，我看不出如何輸出樹形圖中以圖形方式表示的分組。

總結一下： 如何使用R以及理想情況下的電車/集群庫正確顯示標簽，以文本/表格格式獲取集群輸出？

Answer 1

問題涉及cluster包。 agnes返回的agnes.object的幫助頁面（參見http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/agnes.object.html ）表明該對象包含一個order.lab組件“類似於order ，但包含觀察標簽而不是觀察數字。此組件僅在原始觀察結果被標記時可用。”

TraMineR生成的相異矩陣（在您的情況下為twitter.om ）當前不會將序列標簽保留為行名和列名。 要獲得order.lab組件，您必須手動分配序列標簽作為兩個rownames和colnames您的twitter.om矩陣。 我在這里用TraMineR包提供的mvad數據進行說明。

library(TraMineR)
data(mvad)
## attaching row labels 
rownames(mvad) <- paste("seq",rownames(mvad),sep="")
mvad.seq <- seqdef(mvad[17:86]) 
## computing the dissimilarity matrix
dist.om <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")
## assigning row and column labels 
rownames(dist.om) <- rownames(mvad) 
colnames(dist.om) <- rownames(mvad) 
dist.om[1:6,1:6]

## Hierarchical cluster with agnes library(cluster) 
cward <- agnes(dist.om, diss = TRUE, method = "ward")

## here we can see that cward has an order.lab component 
attributes(cward)

這是獲得order與序列標簽而不是數字。 但現在我不清楚你想要的文本/表格形式的集群結果。 從樹形圖中，您可以決定要切割它的位置，即所需的組數，並使用cutree切割樹形圖，例如cl.4 <- cutree(clusterward1, k = 4) 。 結果cl.4是具有每個序列的聚類成員資格的向量，您將獲得組1的成員列表，例如，使用rownames(mvad.seq)[cl.4==1] 。

或者，您可以使用identify方法（參見?identify.hclust ）從圖中以交互方式選擇組，但需要將參數作為as.hclust(cward)傳遞。 這是示例的代碼

## plot the dendrogram
plot(cward, which.plot = 2, labels=FALSE)

## and select the groups manually from the plot
x <- identify(as.hclust(cward)) ## Terminate with second mouse button

## number of groups selected
length(x)
## list of members of the first group
x[[1]] 

希望這可以幫助。