堆棧內存溢出
  簡體   English   中英

TraMineR 圖形對 R 的布局沒有反應

[英]TraMineR graphics not reactive to layout of R

 原文  2021-07-16 17:15:15  5   1    r/ layout/ sequence/ par/ traminer

問題描述

##PACKAGES
library(tidyverse,quietly=TRUE)
library(TraMineR)
library(WeightedCluster, quietly = TRUE)
library(viridis)
library(seqhandbook, quietly = TRUE)

這是我的數據集的表示：

mydata<-structure(list(T1 = structure(c("ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                                "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                                "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                                "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                                "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                                "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"
), label = "Type chir. bariat."),
T2 = structure(c("ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T3 = structure(c("ANN",          "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T4 = structure(c("ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T5 = structure(c("ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T6 = structure(c("ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T7 = structure(c("ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T8 = structure(c("ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."), 
T9 = structure(c("ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                 "ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T10 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T11 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."), 
T12 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T13 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."), 
T14 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."), 
T15 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."), 
T16 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T17 = structure(c("ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T18 = structure(c("ANN", 
                  "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T19 = structure(c("ANN", 
                  "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T20 = structure(c("ANN", 
                  "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", 
                  "ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat.")), 
row.names = c(NA,-50L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

我想繪制一個圖形和彼此相鄰的圖例，因為顯然， seqheatmap from seqhandbook中的函數seqheatmap from seqhandbook不顯示圖例。

我已經分別完成了這兩個工作，並希望使用layout from R base的函數layout from R base來做到這一點

我創建序列的代碼

# ALPHABETS AND LABELS
labels <- sort(c("ANN","SLE","BPG","BPD","ABL","DCD"))
Etats_lng<-c("Ablation","Anneau","Derivation bilio-pancréatique","By-pass gastrique",
             "Décès","Sleeve")

seq <- seqdef(
  mydata[, paste("T",1:20,sep = "")],
  alphabet = labels,
  states = Etats_lng,
  cpal = viridis(6, direction = -1)
)

# distances
couts <- seqsubm(seq, method = "CONSTANT", cval = 2)# Matrice des couts de substitution         
seq.dist<- seqdist(seq, method = "OM", indel = 1, sm = couts)# Distance avec optimal-Matching
seq.hclust <- hclust(as.dist(seq.dist), method = "ward.D2") #Clustering des trajectoire


#SETTING OF LAYOUT
layout.matrix <- matrix(c(1,2), nrow = 1, ncol = 2)
layout(mat = layout.matrix,
       widths = c(3,1) )# Widths of the two columns
layout.show(2)

在第一幀中，我想放置熱圖，在第二幀中放置圖例

在此處輸入圖片說明

但我不工作

seq_heatmap(seq, seq.hclust)
seqlegend(seq)

1 個解決方案

解決方案1
 1 已采納  2021-07-19 12:03:52

函數layout在您的示例中不起作用，因為layout不能嵌套並且heatmap （由seq_heatmap調用）已經使用layout來生成熱圖。

我看到的唯一的解決辦法是檢索功能的源代碼heatmap （從數據），將其重命名說myheatmap ，並對其進行修改以添加顏色圖例的顯示。

檢索heatmap的代碼

myheatmap <- heatmap
edit(myheatmap)

要使edit工作，您可能必須指定編輯器。 或者，您可以使用“ View並將內容復制粘貼到您選擇的編輯器中。

暫無
暫無

聲明:本站的技術帖子網頁，遵循CC BY-SA 4.0協議，如果您需要轉載，請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.

相關問題 R-TraMineR旋轉ytlab 以文本/表格格式顯示TraMineR（R）樹形圖 在Tra中使用TraMiner繪制20個最低出現的序列 R：序列格式 SPELL 到 STS 之間的 TraMineR 轉換沒有日期？ R基礎圖形：重疊來自不同圖的軸刻度標簽與布局 TraMineR參考 R：使用帶有基本圖形的布局匹配上下圖上的 x 軸比例 如何使用R中的plot_grid（）函數繪制幾個seqplots（TraMineR包）？ 如何在R中的TraMineR庫創建的序列對象中引用ID？ R圖形說明命令
相關標簽
 
粵ICP備18138465號  © 2020-2024 STACKOOM.COM