在ggplot中平滑

Question

我有这个ggplot

ggplot(dt.1, aes(x=pctOAC,y=NoP, fill=Age)) +
    geom_bar(stat="identity",position=position_dodge()) +
    geom_smooth(aes(x=pctOAC,y=NoP, colour=Age), se=F, method="loess",show_guide = FALSE,lwd=0.7) +
    theme(legend.position=c(.2,0.8))

dt1 <- structure(list(Age = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("o80", "u80"), class = "factor"), NoP = c(47L, 5L, 33L, 98L, 287L, 543L, 516L, 222L, 67L, 14L, 13L, 30L, 1L, 6L, 17L, 30L, 116L, 390L, 612L, 451L, 146L, 52L), pctOAC = c(0, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 0, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100)), .Names = c("Age", "NoP", "pctOAC"), row.names = c(NA, -22L), class = "data.frame")

我希望将平滑线约束在零之上，这可能类似于核密度。 事实上，如果我有基础数据，我希望内核密度正是我想要的，但我只有聚合数据。 有没有办法做到这一点？ 我尝试在geom_smooth使用不同的method= ，但是小数据集似乎阻止了它。 我想知道如何使用stat_function但我没有太多关于如何继续寻找合适的绘图函数的线索。

Answer 1

另一种可能性是使用method="glm"与样条曲线和日志链接（即也尝试method="gam" ，但其自动复杂性调整想要减少过多的摆动：

library(splines)
ggplot(dt.1, aes(x=pctOAC,y=NoP, fill=Age)) +
    geom_bar(stat="identity",position=position_dodge()) +
    geom_smooth(aes(colour=Age), se=F,
                method="glm",
                formula=y~ns(x,8),
                family=gaussian(link="log"),
                show_guide = FALSE,lwd=0.7) +
    theme(legend.position=c(.2,0.8))

Answer 2

geom_density()怎么样？

ggplot(dt1, aes(x=pctOAC,y=NoP, colour=Age, fill=Age)) +
  geom_bar(stat="identity",position=position_dodge()) +
  geom_density(stat="identity", fill=NA) +
  theme(legend.position=c(.2,0.8))