分段错误后清空核心转储文件

Question

我正在运行一个程序，它被Segmentation fault中断。 问题是核心转储文件已创建，但大小为零。

你听说过这样的案件以及如何解决吗？

我在磁盘上有足够的空间。 我已经执行了ulimit -c unlimited来限制核心文件的大小 - 运行它或者放在提交的批处理文件的顶部 - 但仍然有0字节的核心转储文件。 包含这些文件的文件夹的权限是uog + rw，创建的核心文件的权限仅为u + rw。

该程序是由C ++编写的，并使用Grid Engine的qsub命令在linux集群上提交，我不知道这些信息是否与此问题相关。

Answer 1

设置ulimit -c unlimited打开转储的生成。 默认情况下，核心转储是在nfs上的当前目录中生成的。 将/proc/sys/kernel/core_pattern为/tmp/core帮我解决了空转储的问题。

Ranjith Ruban的评论帮助我开发了这种解决方法。

您用于转储核心的文件系统是什么？

Answer 2

听起来您正在使用批处理调度程序来启动可执行文件。 也许Torque / PBS用来生成你的作业的shell继承了不同的ulimit值？ 也许调度程序的默认配置不是为了保留核心转储？

您可以直接从命令行运行程序吗？

或者，如果在调用可执行文件之前将ulimit -c unlimited和/或ulimit -s unlimited到PBS批处理脚本的顶部，则可能会覆盖PBS的默认ulimit行为。 或者添加'ulimit -c'可以报告限制是什么。

Answer 3

您可以使用qsub选项（例如-l h_vmem=6G来设置资源限制，例如所需的物理内存，以保留6 GB的物理内存。

对于文件块，您也可以将h_fsize设置为适当的值。

请参阅qconf联机帮助页的RESOURCE LIMITS部分：

http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/htmlman5/queue_conf.html

s_cpu     The per-process CPU time limit in seconds.

s_core    The per-process maximum core file size in bytes.

s_data    The per-process maximum memory limit in bytes.

s_vmem    The same as s_data (if both are set the minimum is
           used).
h_cpu     The per-job CPU time limit in seconds.

h_data    The per-job maximum memory limit in bytes.

h_vmem    The same as h_data (if both are set the minimum is
           used).

h_fsize   The total number of disk blocks that this job  can
           create.

此外，如果群集对每个节点使用本地TMPDIR，并且正在填满，则可以将TMPDIR设置为具有更多容量的备用位置，例如NFS共享：

export TEMPDIR=<some NFS mounted directory>

然后使用-V选项启动qsub以将当前环境导出到作业。

上述中的一个或组合可以帮助您解决问题。

Answer 4

如果在已装入的驱动器中运行核心文件。核心文件无法写入已装入的驱动器，但必须写入本地驱动器。

您可以将文件复制到本地驱动器。