[英]matplotlib and libpng issues with ipython notebook
我试图使用 ipython notebook 。 我安装了所有依赖库。 但是,在启动 ipython 或 Ipython 控制台中的“savefig”函数时,我不能使用“--pylab=inline”选项。 当我尝试执行其中任何一个时,由于执行 matplotlib,返回了一条错误消息“RuntimeError:无法创建写入结构”。 此外,来自 notebookApp 提示的警告说“libpng 警告:使用 libpng-1.2.41 构建但使用 1.5.13 运行的应用程序”。
但是,我安装了最新的 libpng(1.5.13),使用 pip uninstall 卸载了 matplotlib,并使用 pip install 重新安装了 matplotlib(在构建过程中,我可以看到 libpng1.5.13 用于构建 matplotlib)。
我系统的配置是Mac OS X10.6,python2.7。 有没有人有类似的经历或者建议?
以下是回溯错误:
[<matplotlib.lines.Line2D at 0x106066d50>]
---------------------------------------------------------------------------
RuntimeError Traceback (most recent call last)
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/IPython/zmq/pylab/backend_inline.pyc in show(close)
100 try:
101 for figure_manager in Gcf.get_all_fig_managers():
--> 102 send_figure(figure_manager.canvas.figure)
103 finally:
104 show._to_draw = []
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/IPython/zmq/pylab/backend_inline.pyc in send_figure(fig)
209 """
210 fmt = InlineBackend.instance().figure_format
--> 211 data = print_figure(fig, fmt)
212 # print_figure will return None if there's nothing to draw:
213 if data is None:
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/pylabtools.pyc in print_figure(fig, fmt)
102 try:
103 bytes_io = BytesIO()
--> 104 fig.canvas.print_figure(bytes_io, format=fmt, bbox_inches='tight')
105 data = bytes_io.getvalue()
106 finally:
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/backend_bases.pyc in print_figure(self, filename, dpi, facecolor, edgecolor, orientation, format, **kwargs)
2050 orientation=orientation,
2051 dryrun=True,
-> 2052 **kwargs)
2053 renderer = self.figure._cachedRenderer
2054 bbox_inches = self.figure.get_tightbbox(renderer)
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.pyc in print_png(self, filename_or_obj, *args, **kwargs)
501 _png.write_png(renderer._renderer.buffer_rgba(),
502 renderer.width, renderer.height,
--> 503 filename_or_obj, self.figure.dpi)
504 finally:
505 if close:
RuntimeError: Could not create write struct
非常感谢,
杰
我在 OS X Mavericks 上遇到了同样的问题,通过自制软件安装了 libpng 并安装了 XQuartz。 结果证明 matplotlib 在编译时找到了较旧的 XQuartz libpng 版本,但在运行时找到了更新的自制 libpng。
我找到的最佳解决方案来自jaengelberg 在 github 上的评论:卸载 matplotlib,暂时重命名 XQuartz libpng 标头,以便找不到它们,安装 matplotlib,然后改回标头名称。
这是完整的:
pip uninstall matplotlib
cd /opt/X11/include/libpng15
sudo mv png.h _png.h
sudo mv pngconf.h _pngconf.h
sudo mv pnglibconf.h _pnglibconf.h
pip install matplotlib
sudo mv _png.h png.h
sudo mv _pngconf.h pngconf.h
sudo mv _pnglibconf.h pnglibconf.h
在 Anaconda 环境中工作时,我尝试在 Jupyter Notebook 中查看来自 OpenCV 的图像时遇到了同样的问题。 强制重新安装 matplotlib 对我有用:
pip install -U --force-reinstall matplotlib
我从 Matt 的解决方案中查看这个 GitHub 链接时发现了这种方法。
对我来说
%matplotlib inline
在所有 matplotlib 导入解决此问题之前
我也有这个问题。 另一种解决方案是将笔记本渲染图像的格式从“png”更改为“svg”。 这可以在您的配置文件中完成。 我的位于:
~/.ipython/profile_default/ipython_notebook_config.py
有一条线看起来像这样
# c.InlineBackend.figure_format = 'png'
取消注释并更改为“svg”对我有用:
c.InlineBackend.figure_format = 'svg'
也许它在运行时加载了错误的 libpng。 如果您针对 libpng 1.5 构建 matplotlib,请确保您也使用它运行。 libpng 1.2 和 1.5 不兼容。
在 shell 中,您可以设置 DYLD_LIBRARY_PATH 以更改链接器首先搜索库的位置。
otool -L /<somepath>/matplotlib/_png.so
应该告诉你 matplotlib 在运行时发现了什么。
我有几乎完全相同的经历:
我认为 IPython 的 MacPorts 配方可能对某些操作系统版本有一些问题。
不知道你从哪里得到你的python2.7,但我的解决方案是我最终放弃了MacPorts,转而使用自制软件(这也有一些问题,但我能够通过直接从源代码安装一些包来解决它们,见这个问题) .
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