Barplot有顯着的差異和相互作用？

Question

我想想象我的數據和ANOVA統計數據。 通常使用帶有添加線條的條形圖來指示顯着的差異和相互作用。 你怎么用R做這樣的情節？

這就是我想要的：

顯着差異：

重要的互動：

背景

我目前正在使用barplot2{ggplots}繪制條形圖和置信區間，但我願意使用任何包/程序來完成工作。 為了得到我目前使用的統計數據TukeyHSD{stats}或pairwise.t.test{stats}的差異和方差分析功能（一個aov ， ezANOVA{ez} ， gls{nlme} ）的相互作用。

只是為了給你一個想法，這是我目前的情節：

Answer 1

當您使用庫gplots函數barplot2() ，將使用此方法給出示例。

首先，在barplot2()函數的幫助文件中給出了barplot2() 。 ci.l和ci.u是偽置信區間值。 Barplot應保存為對象。

hh <- t(VADeaths)[1:2, 5:1]
mybarcol <- "gray20"
ci.l <- hh * 0.85
ci.u <- hh * 1.15
mp <- barplot2(hh, beside = TRUE,
               col = c("grey12", "grey82"),
               legend = colnames(VADeaths)[1:2], ylim = c(0, 100),
               cex.names = 1.5, plot.ci = TRUE, ci.l = ci.l, ci.u = ci.u)

如果你查看對象mp ，它包含所有條形的x坐標。

 mp
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]  1.5  4.5  7.5 10.5 13.5
[2,]  2.5  5.5  8.5 11.5 14.5

現在我使用上置信區間值來計算段的y值的坐標。 細分將從比置信區間結束高1的位置開始。 y.cord包含四行 - 第一行和第二行對應第一個欄，另外兩行對應第二欄。 根據每個條形對的置信區間的最大值計算最高y值。 x.cord值只重復mp對象中相同的值，每次2次。

y.cord<-rbind(c(ci.u[1,]+1),c(apply(ci.u,2,max)+5),
          c(apply(ci.u,2,max)+5),c(ci.u[2,]+1))
x.cord<-apply(mp,2,function(x) rep(x,each=2))

在繪制條形圖之后，使用sapply() ）使用計算的坐標制作五個線段（因為這次有5組）。

sapply(1:5,function(x) lines(x.cord[,x],y.cord[,x]))

要繪制分段上方的文本，請計算x和y坐標，其中x是兩個條形x值的中間點，y值是根據每個條形對的置信區間的最大值加上一些常數計算的。 然后使用函數text()添加信息。

x.text<-colMeans(mp)
y.text<-apply(ci.u,2,max)+7
text(c("*","**","***","NS","***"),x=x.text,y=y.text)

Answer 2

我想現在你的問題已經或多或少得到了解決，所以我會鼓勵你使用不同的方法，這種方法在數據的可視化表示方面要好得多 - 點圖。 例如，將您的條形圖與使用類似數據點構建的點圖進行比較：

#example data similar to your barplot
d <- data.frame(group=rep(c("control","group1","group2"),each=4),
                esker=c(1.6,1.4,1.8,1.5,2,1.8,1.6,1.4,2.3,2,1.7,1.4),
                se=rep(0.1,12),
                cond=rep(c("t1","t2","t3","t4"),3))
#dotplot - you need Hmisc library for version with error bars
library(Hmisc)
Dotplot(cond ~ Cbind(esker, esker+se, esker-se) | group, data=d, col=1, 
        layout=c(1,3), aspect="xy",
        par.settings = list(dot.line=list(lwd=0), plot.line=list(col=1)))

將其與barplot進行比較。 在點圖中，水平繪制時更容易看到差異，您不需要額外的圖例或條形或顏色來顯示條件，您不需要指南和其他噪聲元素。 你擁有這三個面板中的所有內容。 當然，我知道你可能想突出你的重要影響，並且它可能適用於少數條件。 但是如果因子的數量增加，情節會溢出星星和狗屎。

把事情簡單化。 保持dotplot。 請查看William Cleveland和Edward Tufte的書籍。

Answer 3

我建議使用ggplot而不是barplot，你可以手動構建線條，如下所示：

這是從data.table開始的，如下所示： data.table used

gg <- ggplot(data, aes(x = time, y = mean, fill = type)) +
    geom_bar(stat = "identity", position = "dodge") +
    scale_fill_manual(values = c("RGX" = "royalblue2", "EX" = "tomato2")) +
    xlab("Post-treatment Time Point (months)") +
    ylab(paste("data", "Change Score")) +
    scale_y_continuous(expand = c(0, 0)) +
    ylim(c(0,max(data$mean*1.5)))

# add horizontal bars
gg <- gg + geom_errorbar(aes(ymax = hline, ymin = hline), width = 0.45)

# add vertical bars
gg <- gg + geom_linerange(aes(ymax = max(data$mean)+3, ymin = max(data$mean)+1), position = position_dodge(0.9))

# add asterisks   
gg <- gg + geom_text(data = data[1:2], aes(y = max(data$mean)+4), label = ifelse(data$p_value[1:2] <= 0.4, "*", ifelse(data$p_value[1:2] <= 0.05, "*", "")), size = 8)

gg

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