帶有clustalw的BioPerl-輸出文件

Question

我有一個perl腳本來自動執行許多多重對齊（我首先僅用一個文件和一個多重對齊來制作腳本-雖然很大。我可以修改多個文件），我想輸出結果文件，但是我不確定如何使用AlignIO：到目前為止，我有：

use warnings;
use strict;
use Bio::AlignIO;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

my $file = shift or die; # Get filename from command prompt.
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(-matrix => 'BLOSUM');
my $ktuple = 3;
$factory->ktuple($ktuple);

my $inseq = Bio::SeqIO->new(
                    -file => "<$file",
                    -format => $format
                   );

my $seq;
my @seq_array;
while ($seq = $inseq->next_seq) {
    push(@seq_array, $seq);
}

# Now we do the actual alignment.
my $seq_array_ref = \@seq_array;
my $aln = $factory->align($seq_array_ref);

對齊完成后，我有$ aln，這是我想作為fasta文件退出流程的對齊方式-我嘗試了類似的方法：

my $out = Bio::AlignIO->new(-file => ">outputalignmentfile",
                         -format => 'fasta');
while( my $outaln = $aln->next_aln() ){
    $out->write_aln($outaln);
}

但這沒有用，大概是因為next_aln（）方法僅適用於AlignIO事物，而$ aln可能不適用。 所以我需要知道my $aln = $factory->align($seq_array_ref);行生成的是什么my $aln = $factory->align($seq_array_ref); 以及如何將比對的序列輸出到文件中。 我的下一步是樹估計或網絡分析。

謝謝，本

Answer 1

$out->write_aln($outaln); 是寫入clustalw行返回的對象以將對象輸出到該流所需的唯一行。