如何將數據表作為矩陣讀入R中

Question

此代碼直接來自Bioconductor插圖，用於創建表達式集（ http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/Biobase/inst/doc/ExpressionSetIntroduction.pdf ）。

>  exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
                 + row.names = 1,
                 + as.is=TRUE))

任何人都可以告訴為什么此代碼生成以下錯誤消息？

> exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
+                       row.names = 1,
Error: unexpected '=' in:
"exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
                 + row.names ="
>                      + as.is=TRUE))
Error: unexpected ')' in "                     + as.is=TRUE)"

或者，您能否建議另一種方法將文件exprsFile讀入帶有標題的矩陣？

非常感謝您的寶貴時間。

Answer 1

生物基團的小插圖（幾乎可以肯定）使用Sweave 。 將單個表達式分割為多行的>和leading +是使用Sweave以及它如何顯示它處理的代碼的假象。 它反映了如果輸入以下內容（應該可以工作），終端/控制台（R會話）的外觀如何

exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t",
                  row.names = 1,
                  as.is=TRUE))

knitr （它是Sweave的替代品，現在允許用於暈影），默認情況下prompts刪除這些prompts ，因此代碼更直接可復制和匹配。