無法在AWS EMR上安裝R / rmr2

Question

在花了大約一周的時間嘗試在AWS-EMR上安裝R和rmr2之后，我將向大家尋求一點幫助。 我的引導腳本已成功安裝R 2.14.1-1〜lennycran.0（感謝JD Long的博客）。 當我嘗試安裝rmr2時，遇到了經典的依賴問題。 似乎我必須安裝Rcpp，RJSONIO，bitops，digest等5個軟件包。 因為只有較舊的Rcpp才能與R 2.14.1一起使用，所以我將下載一個命名版本並進行安裝。 我不知道年齡多大-我隨機嘗試了幾個版本，而0.8.9起作用了。 我將再試一些。

sudo curl -o Rcpp.tar.gz http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Archive/Rcpp/Rcpp_0.8.9.tar.gz
sudo R CMD INSTALL Rcpp.tar.gz

現在，我應該安裝其余的依賴項（如何？）

最終將安裝rmr2。 我正在使用以下腳本，該腳本當然會失敗-

sudo wget --no-check-certificate -o rmr2.tar.qz -S -T 10 -t 5 http://goo.gl/dvBric
sudo R CMD INSTALL rmr2.tar.gz

我的問題是-

安裝其余依賴項（“ RJSONIO”，“ bitops”，“ digest”，“ functional”，“ stringr”，“ plyr”，“ reshape2”，“ caTools”）的簡單引導腳本應該是什么？ 我是否還需要擔心這些軟件包的兼容性？

這是我完整的bootstrap.sh代碼-

#!/bin/bash

#debian R upgrade

gpg --keyserver pgpkeys.mit.edu --recv-key 06F90DE5381BA480
gpg -a --export 06F90DE5381BA480 | sudo apt-key add -
echo "deb http://streaming.stat.iastate.edu/CRAN/bin/linux/debian lenny-cran/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
sudo apt-get update
sudo apt-get -t lenny-cran install --yes --force-yes r-base r-base-dev

sudo curl -o rmr2.tar.gz http://goo.gl/dvBric
sudo R CMD INSTALL rmr2.tar.gz <<<< Does not go beyond this.

set -e
bucket=muxxx-bisxxx-bucket
path=input.tar.gz
wget -S -T 10 -t 5 http://$bucket.s3.amazonaws.com/$path
mkdir -p /home/hadoop/contents
tar -C /home/hadoop/contents -xzf input.tar.gz

export HADOOP_CMD=/home/hadoop/bin/hadoop
export HADOOP_STREAMING=/home/hadoop/contrib/streaming/hadoop_streaming.jar

/home/hadoop/bin/hadoop fs -mkdir /home/hadoop/contents
/home/hadoop/bin/hadoop fs -put /home/hadoop/contents/* /home/hadoop/contents/

Answer 1

我手頭的問題還沒有解決，但是我有一個方向。 在R 2.14.1安裝之后和rmr2安裝之前，我在引導腳本中添加了以下代碼行-

sudo Rscript -e 'install.packages(c("rJava", "Rcpp", "RJSONIO", "bitops", "digest", "functional", "stringr", "plyr", "reshape2", "caTools"), repos="http://ftp.heanet.ie/mirrors/cran.r-project.org/")'

目前，引導程序在plyr處失敗，我猜這是由於我擁有的Rcpp版本較舊。

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