閱讀三個不同的框架

Question

所以我正在嘗試創建一個類，它在三個不同的幀中讀取DNA字符串 - 一個從位置0（或第一個鹼基）開始，另一個從位置1開始（第二個鹼基），第三個開始讀取在第2位（第三壘）。 到目前為止，這是我一直在玩的：

def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three):
        start = frame_one
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start:start+3], start)
            start += 3

        start+1 = frame_two
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start+1:start+4], start)
            start += 3

        start+2 = frame_three
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start+2:start+5], start)
            start += 3

我認為現在這幾乎是胡說八道，但我盡我所能。 如果有人能讓我知道我可以在這堂課中開始糾正的地方，那就太棒了。

Answer 1

首先，您不能指定一些值並命名變量，如start+1 ， start+2等。 接下來，由於它與生物信息學相關，您可以將您的問題標記為生物信息學。 此外，你重復了很多次的東西，這對程序員來說太糟糕了。 但是，您可以嘗試使用以下代碼段：

class Codons(object):

        def __init__(self, seq):
                self.seq = seq

        def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three):

                while frame_one <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_one:frame_one+3])
                    frame_one += 3

                while frame_two <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_two:frame_two+3])
                    frame_two += 3

                while frame_three <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_three:frame_three+3])
                    frame_three += 3


test_codons = Codons("ATCGTG-")

val = test_codons.codons(0,1,2)

print("Codons are: ")
for i in val:
        print(i)

print("")

如果它適合您，請告訴我們。 干杯！！