如何使用igraph識別完全連接的節點集群？

Question

我正在嘗試使用R中的igraph來計算網絡的集群，其中所有節點都是連接的。 情節似乎工作正常，但后來我無法從我的集群中返回正確的分組。

在此示例中，該圖顯示了4個主要群集，但在最大群集中，並非所有節點都已連接：

我希望能夠從此graph對象返回以下群集列表：

[[1]]
[1] 8 9

[[2]]
[1]  7 10

[[3]]
[1]  4  6 11

[[4]]
[1] 2 3 5

[[5]]
[1]  1  3  5 12

示例代碼：

library(igraph)

topology <- structure(list(N1 = c(1, 3, 5, 12, 2, 3, 5, 1, 2, 3, 5, 12, 4, 
6, 11, 1, 2, 3, 5, 12, 4, 6, 11, 7, 10, 8, 9, 8, 9, 7, 10, 4, 
6, 11, 1, 3, 5, 12), N2 = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 
3, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 7, 7, 8, 8, 9, 9, 10, 10, 
11, 11, 11, 12, 12, 12, 12)), .Names = c("N1", "N2"), row.names = c(NA, 
-38L), class = "data.frame")

g2 <- graph.data.frame(topology, directed=FALSE)
g3 <- simplify(g2)
plot(g3)

cliques功能讓我成為那里的一部分：

tmp <- cliques(g3)
tmp

但是，此列表還提供了並非所有節點都連接的分組。 例如，此clique包括節點1,2,3,5但1僅連接到3，而2僅連接到3和5，而5僅連接到2：

topology[tmp[[31]],]
#  N1 N2
#6  3  2
#7  5  2
#8  1  3

在此先感謝您的幫助。

Answer 1

您可以在igraph包中使用maximal.cliques 。 見下文。

# Load package
library(igraph)

# Load data
topology <- structure(list(N1 = c(1, 3, 5, 12, 2, 3, 5, 1, 2, 3, 5, 12, 4, 
6, 11, 1, 2, 3, 5, 12, 4, 6, 11, 7, 10, 8, 9, 8, 9, 7, 10, 4, 
6, 11, 1, 3, 5, 12), N2 = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 
3, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 7, 7, 8, 8, 9, 9, 10, 10, 
11, 11, 11, 12, 12, 12, 12)), .Names = c("N1", "N2"), row.names = c(NA, 
-38L), class = "data.frame")

# Get rid of loops and ensure right naming of vertices
g3 <- simplify(graph.data.frame(topology[order(topology[[1]]),],directed = FALSE))

# Plot graph
plot(g3)

# Calcuate the maximal cliques
maximal.cliques(g3)

# > maximal.cliques(g3)
# [[1]]
# [1] 9 8
# 
# [[2]]
# [1] 10  7
# 
# [[3]]
# [1] 2 3 5
# 
# [[4]]
# [1]  6  4 11
# 
# [[5]]
# [1] 12  1  5  3