通過R 3.0.2中的RMySQL包連接到數據庫

Question

我試圖連接到ucsc基因組服務器，然后嘗試在其中選擇數據庫hg19。

我已經知道的方法（工作正常）：

hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",db="hg19",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu")

我想知道的替代方法：

ucscDb <- dbConnect(MySQL(),user = "genome",host = "genome-mysql.cse.ucsc.edu")

現在， 有什么方法可以使用查詢，例如use hg19;。 通過連接句柄ucscDb選擇數據庫hg19？

兩種方法的不同之處是在dbConnect函數中使用db參數。

在前者中 ，我在參數本身中指定了db。 在后者中 ，我只是連接到ucsc服務器，然后嘗試通過dbGetQuery函數通過查詢在hg19數據庫上工作。

Answer 1

dbConnect命令需要一個db參數。 它為連接設置默認模式。但是，沒有規則要求您必須在dbSendQuery命令中使用默認模式。 例如，如果您與

hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",db="hg19",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu")

但也許想查詢名為“ hg18”的數據庫。 您可以簡單地運行以下命令：

query = dbSendQuery(hg19, "SELECT * FROM hg18.sometable);
hg18Data = fetch(query, n=-1);