使用rpy2進行生存分析時出錯

Question

我正在嘗試在ipython中使用rpy2用R執行生存分析。

以下公式失敗：

%Rpush df
surv_fit = surv.coxph("Surv(start, end, status) ~ x", data=df)
> RRuntimeError: Error: $ operator is invalid for atomic vectors

但是，如果我全部使用r magic做到這一點，它將起作用：

%Rpush df
%R surv.fit <- coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df)

Surv對象有問題嗎？

Answer 1

這是因為%Rpush將變量推入R。

然后，您的第一個示例將是： surv_fit = rpy2.robjects.r(""" surv.coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df) """)