使用rpy2进行生存分析时出错

Question

我正在尝试在ipython中使用rpy2用R执行生存分析。

以下公式失败：

%Rpush df
surv_fit = surv.coxph("Surv(start, end, status) ~ x", data=df)
> RRuntimeError: Error: $ operator is invalid for atomic vectors

但是，如果我全部使用r magic做到这一点，它将起作用：

%Rpush df
%R surv.fit <- coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df)

Surv对象有问题吗？

Answer 1

这是因为%Rpush将变量推入R。

然后，您的第一个示例将是： surv_fit = rpy2.robjects.r(""" surv.coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df) """)