跨行和列的R cor

Question

您好，我目前有一個矩陣，其基因為row.name，組織類型為colnames。 如果我：

> cor(matrix)
> str(DataCor2)
 num [1:39453, 1:19] 0.502 7.974 33.462 0 14.543 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:39453] "AC205376.4_FG003" "GRMZM2G024563" ...
  ..$ : chr [1:19] "V18_Meotic_TasselR1" "V18_Meotic_TasselR2" ...

我得到了組織類型之間的關聯。 我想做的是獲取每種組織類型的基因子集與熱圖的相關性，我嘗試過：

cor（v，t（v））

但是我收到一個錯誤的消息，說尺寸不兼容。 這是數據的一部分，我希望了解各種組織類型之間基因之間表達水平的相關性。 熱圖看起來類似於在Y軸上有基因，在X軸上有組織的矩陣。 希望它更有意義。

Answer 1

假設你要subset的genes基礎上的prefix並做cor上的每個subset

 res <- lapply(split(1:nrow(mat1), gsub("_.*", "", rownames(mat1))),
                               function(i) cor(mat1[i,]))

數據

set.seed(29)
mat1 <- matrix(sample(0:80, 15*3, replace=TRUE), ncol=3,
   dimnames=list(paste(rep(c('V18', 'V19'), c(8,7)), LETTERS[1:15],
   sep="_"), paste0("AC", 1:3)))