在if語句中使用awk

Question

我有一個數據文件，看起來像這樣：

1   .   0   10109   AA  AA
1   .   0   10123   C   CCCT
1   .   0   10133   A   AAC
1   .   0   10134   A   ACAAC
1   .   0   10140   A   ACCCTAAC
1   .   0   10143   C   CTACT
1   rs144773400 0   10144   T   TA
1   .   0   10146   AC  A
1   .   0   10147   G   C

以“。”為例。 在第二列中，我想用列1和4的合並輸出替換它，如下所示：

1   1:10109 0   10109   AA  AA
1   1:10123 0   10123   C   CCCT
1   1:10133 0   10133   A   AAC
1   1:10134 0   10134   A   ACAAC
1   1:10140 0   10140   A   ACCCTAAC
1   1:10143 0   10143   C   CTACT
1   rs144773400 0   10144   T   TA
1   1:10146 0   10146   AC  A
1   1:10147 0   10147   G   C

我一直在嘗試使用if / then語句執行此操作...但是我知道我的語法錯誤，只是不確定如何錯誤。

if [$2 -eq "." /data/pathtofile]
then 
    awk '{print $1 ":" $4}'
else 
    awk '{print $2}' >> "/data/cleanfile"
fi 

我想念什么？

Answer 1

您可以通過awk本身執行此操作。

awk -v FS="\t" -v OFS="\t" '$2=="."{$2=$1":"$4}{$1=$1}1' file

要么

$ awk '$2=="."{$2=$1":"$4}{$1=$1}1' file
1 1:10109 0 10109 AA AA
1 1:10123 0 10123 C CCCT
1 1:10133 0 10133 A AAC
1 1:10134 0 10134 A ACAAC
1 1:10140 0 10140 A ACCCTAAC
1 1:10143 0 10143 C CTACT
1 rs144773400 0 10144 T TA
1 1:10146 0 10146 AC A
1 1:10147 0 10147 G C