[英]Using awk in if statements
我有一个数据文件,看起来像这样:
1 . 0 10109 AA AA
1 . 0 10123 C CCCT
1 . 0 10133 A AAC
1 . 0 10134 A ACAAC
1 . 0 10140 A ACCCTAAC
1 . 0 10143 C CTACT
1 rs144773400 0 10144 T TA
1 . 0 10146 AC A
1 . 0 10147 G C
以“。”为例。 在第二列中,我想用列1和4的合并输出替换它,如下所示:
1 1:10109 0 10109 AA AA
1 1:10123 0 10123 C CCCT
1 1:10133 0 10133 A AAC
1 1:10134 0 10134 A ACAAC
1 1:10140 0 10140 A ACCCTAAC
1 1:10143 0 10143 C CTACT
1 rs144773400 0 10144 T TA
1 1:10146 0 10146 AC A
1 1:10147 0 10147 G C
我一直在尝试使用if / then语句执行此操作...但是我知道我的语法错误,只是不确定如何错误。
if [$2 -eq "." /data/pathtofile]
then
awk '{print $1 ":" $4}'
else
awk '{print $2}' >> "/data/cleanfile"
fi
我想念什么?
您可以通过awk本身执行此操作。
awk -v FS="\t" -v OFS="\t" '$2=="."{$2=$1":"$4}{$1=$1}1' file
要么
$ awk '$2=="."{$2=$1":"$4}{$1=$1}1' file
1 1:10109 0 10109 AA AA
1 1:10123 0 10123 C CCCT
1 1:10133 0 10133 A AAC
1 1:10134 0 10134 A ACAAC
1 1:10140 0 10140 A ACCCTAAC
1 1:10143 0 10143 C CTACT
1 rs144773400 0 10144 T TA
1 1:10146 0 10146 AC A
1 1:10147 0 10147 G C
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